流行性乙型脑炎(Japanese encephalitis, JE)是由乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV)引起的一种十分重要的人畜共患的急性传染病,其主要流行于亚洲的东部和东南部以及澳大利亚等地区,其引起的死亡率可达20%以上根据世界卫生组织的统计,乙脑年发病人数已达35000例,其中中国的发病人数占到了80%。JEV可感染猪,引起妊娠母猪流产、公猪睾丸肿大和仔猪神经系统疾病,给养猪业造成了巨大的损失。猪是JEV主要的储存和扩散宿主,因此对猪感染乙脑的诊断与防制具有重要的公共卫生学意义。首先,本研究以JEV SA14为模板设计JEV特异性引物,分7段扩增JEV广西分离株FC792全基因,经序列测定与拼接后得到FC792分离株全基因组序列。FC792株全长10977个核苷酸,其中5’非编码区有95个核苷酸,3’非编码区有586个核苷酸,开放阅读框含10296个核苷酸,共编码3432个氨基酸。核苷酸与氨基酸同源性分析发现FC792株与国内外JEV代表毒株的核苷酸同源性为84.6%-99.7%,氨基酸同源性为96.2%-99.4%。其中与SA14-14-2和YUNNAN0901株核苷酸同源性分别为99.7%和99.6%,氨基酸同源性分别为99.4%和99.2%。遗传进化分析表明FC792株属于基因Ⅲ型,且与YUNNAN0901和SA14-14-2株的遗传进化关系最为接近。FC792株与YUNNAN0901株核苷酸的差异率仅为0.45%,氨基酸差异率为0.76%,结构蛋白含有5个氨基酸的差异。其次,本研究建立了JEV RT-LAMP检测方法,并进行了反应体系和反应条件的优化,灵敏度实验表明本研究建立的JEV RT-LAMP检测方法的检测极限为0.5pg,特异性实验证明其具有较高的特异性。与RT-Nested-PCR比较,两种方法检出率的符合率为90.9%。而且反应结束后可以通过添加化学发光剂进行可视化观察,大大缩短了检测时间。第三,克隆出JEV FC792株包含E基因抗原域Ⅰ和抗原域Ⅱ的基因片段Ea,成功构建出原核表达质粒pET-32a-Ea。用JEV阳性猪血清作为一抗进行Western-blot分析,初步表明重组蛋白Ea具有抗原性,纯化复性重组蛋白Ea,免疫小鼠2次,间隔1周,二免一周后眼球采血、分离血清,经包被JEV全病毒的ELISA试剂盒检测为阳性,说明Ea具有抗原性；ELSIA检测为阳性的小鼠血清进行病毒的中和试验结果表明免疫组小鼠血清具有中和JEV的能力,中和抗体效价为1：70,说明E。具有较好的免疫原性。