基于16S rDNA序列技术分析肝细胞癌患者肝动脉化疗栓塞术后肠道菌群结构变化的初步研究

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目的:肝细胞癌(hepatacellular carcinoma,HCC)是原发性肝癌的一种组织学亚型,是临床常见的恶性肿瘤。肝动脉化学栓塞术(transcatheter arterial chemoembolization,TACE)是目前国内外治疗中晚期不可切除肝癌的首选方案[23-24]。近些年来,人们对肠道菌群功能的认知逐步加深,越来越多的证据表明肠道微生态的失衡可能通过免疫、代谢和营养等多种途径影响肝癌的发生及发展,与肝癌的病因学密切相关[21-22],但是肝癌患者TACE治疗后肠道微生物菌群是否发生改变,以及这种微生物菌群改变对TACE疗效有何影响,是否对肝癌患者的远期生存起到正向收益效果暂不明确。本次实验通过运用16S rDNA测序技术观察HCC患者TACE治疗后肠道菌群变化,为HCC患者TACE治疗过程中防治肠道菌群失调提供了理论、实验基础。方法:选取2019年1月-2019年12月31日海南医学院附属第一医院初诊为原发性肝癌的30例患者。所有入组患者均接受TACE治疗,分别在接受TACE治疗前1天、TACE治疗后1周内各采集新鲜粪便一次,新鲜样本存储于细胞冷冻管内并转移至-80℃冰箱内。使用干冰运输至广州锐博生物科技有限公司,由该公司对HCC患者粪便样本中的DNA进行16S rDNA测序分析,统计分析HCC患者样本中菌群多样性以及TACE前、后肠道菌群差异性进行生物学分析。结果:1.入组30个HCC患者共60例样本中,54例样本浓度达到实验要求,7例样本浓度不合格,TACE术前及术后样本同时合格病例数为26人。将预处理的读取聚类成OTUs,所有合格样本的OTU数量皆在50000-100000之间,说明样本物种较为丰富。2.测算Ace指数、Chao1指数和香农指数即Shannon指数后发现,TACE前、后指数差异不大,说明肠道菌群多样性均无明显差异(P>0.05),但是可以发现群落多样性明显减少。根据chao1和Shannon指数和样本不同测序深度指数Observed spieces分别构建稀释性曲线。chao1曲线图显示,样本曲线末端在20000reads-50000reads水平时趋于平坦,证明测序工作足够代表已捕获样品中的多样性。香农多样性曲线图显示,所有样本曲线在50000Reads水平时均进入平台期,说明在现有测序深度数据量合理足以覆盖样本内90%以上的细菌。3.构建PCoA分析分析前三类主要成分差异,结果发现TACE前、后样本存在距离差异,但也存在一部分主成分相似,需要进一步区分。将物种组成信息按照样品及物种之间的距离进行聚类,考察样品物种的聚集程度及丰度差异,结果发现TACE前、后患者肠道菌群大部分种类相同,但也发生了细菌种类及数量的变化。4.根据HCC患者粪便样品测序结果绘制“门、属”等级的柱状图,结果共检测出13种菌门,143种菌属。各样本在门水平的微生物丰度组成结构主要以拟杆菌门50.1%、厚壁菌门29.7%、变形菌门12.4%、放线菌门1.6%四种优势菌门构成,四种优势菌门占所有物种总量93.8%。5.根据HCC患者样品测序所获得的OTU所代表的物种,在“门”、“属”分类等级分别对TACE前、TACE后统计做饼状图,直观查看不同分类等级TACE前、后物种的比例差异。结果TACE前检测到12种菌门,TACE后检测到10种菌门,HCC患者TACE后,变形菌门平均丰度升高(16.44%-23.66%),拟杆菌门、厚壁菌门平及放线菌门平均丰度降低(49.75%-49.36%、29.7%-20.49%、0.50%-0.25%)。属水平TACE前共检测到120种细菌,TACE后共检测到103种细菌,TACE后丰度减低的菌属除了萨特氏菌属以外,都属于拟杆菌门及厚壁菌门等肠道益生菌,而肠杆菌科、副杆菌属、克雷伯氏菌属等致病菌及条件致病菌在TACE后丰度明显升高。结论:1.肝细胞癌患者TACE治疗前后,肠道菌菌多样性减少。2.肝细胞癌患者TACE后,放线菌门、厚壁菌门、拟杆菌门相对丰度降低,而变形菌门相对丰度升高。3.肝细胞癌患者TACE后,肠道菌群中拟杆菌、毛螺菌属、粪杆菌属等益生菌减少,肠杆菌科、副杆菌属、克雷伯氏菌属及梭杆菌属等致病菌及条件致病菌增多。
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