信息集成和互联网技术的发展，促进了人们对完整获取分布、异质信息的需求。信息集成的一个主要特征就是需要同时处理大量的查询请求，因此有效地进行查询对于信息集成系统是十分重要的。 本文在现有信息集成技术的基础上，研究了信息集成系统中的查询优化和查询处理两部分。在查询优化方面，针对信息集成系统的特点，分析了传统的查询包含概念的不足，利用了伪包含的概念，通过对查询集合构造伪包含树的方法确定查询顺序，由此达到了对查询集合的优化的目的：在查询处理方面，建立了两级映射规则，研究了从局部本体到关系数据库的子查询重写算法。采用了本体查询语言作为查询语言，它针对全局本体进行查询。通过对查询语句的解析，建立查询树，根据两级映射规则，通过变量绑定、查询分解以及子查询重写，最终将针对全局本体的查询语言转化为与关系数据库相关的查询语言。 本文采用了protege对本体进行建模，最后通过典型的查询用例对信息集成中的查询处理与优化进行了结果上的分析。