合伙企业发展以来,关于其企业性质和税收相关因素,形成了不同的理论和实践做法。在合伙企业性质方面,目前主要存在“集合论”和“实体论”两种理论。集合论下合伙企业仅为各缔约主体的一个联合体,没有独立的主体资格。实体论则与之相反,承认合伙企业的独立实体资格。在所得税性质方面,穿透原则的适用与否对于界定所得税性质具有重要意义。在应税主体方面,各国根据各国国情或将合伙企业、或将合伙人作为应税主体。在课税模式方面,主要形成了实体课税模式、非实体课税模式及准实体课税模式。我国的税制变迁主要经历了四个阶段,自建国起成型前至逐渐确立、完善。如今合伙企业仍然处于蓬勃发展的状态,且呈现出多元化发展的新形态,其中比较突出的是创业投资类、私募股权基金类合伙企业的新发展。新发展同时也伴随着新的税收问题,现行税制的应对略显不足。目前我国合伙企业税制存在一些不足之处,主要体现在税收规定模糊。长期以来,合伙企业所得税规范缺乏明确的法律定位,现行企业所得税并不兼容合伙企业。法律层面立法的缺位导致关于合伙企业所得税的很多关键性规定散不于各种规范性文件之中,由此也产生了不同法律规范之间存在冲突的问题。在课税实践中,税制适用同样存在不完善之处。具体表现为:一是税负衡平问题。现行规定中不同类型合伙人在不同合伙企业营业领域税负差异较大,且关于合伙企业作为合伙人的税收征管问题没有明确规定。另一方面由于穿透原则落实不到位,引发所得性质难以确定,导致出现税负不均的情况,加剧了税负不公。二是避税问题。现行税制缺乏针对合伙企业的反避税规则,但现实中利用合伙企业的税收特别规定进行避税操作的现象时有发生,如对合伙企业的利润和亏损进行特别分配、制造带有目的性的关联交易、通过合伙份额的取得与退出等途径实现避税目的。从问题分析到税制完善,可以从以下几方面开展:一是优化税制规范,弥补立法不足,提高对合伙企业所得税的重视程度,在法律层面增加合伙企业所得税的特别条例;以准实体课税模式为基本,实现税制体系化协调。二是坚持税收公平原则为税制优化的导向,坚持立法公平,明确各主体税负承担;同时,贯彻穿透原则,尤其是所得性质的认定,避免不当增加纳税主体的税负。三是完善反避税规则,分别从一般反避税与特殊反避税规则着手,优化一般性反避税规范,引入权益价值机制,防范关联交易中的避税安排。