应用基因表达谱芯片研究儿童HCMV感染相关基因的表达

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目的
  应用基因表达谱芯片研究儿童HCMV感染相关基因的表达。
  方法
  1.收集HCMV感染及正常儿童外周血,提取外周血总RNA;
  2.逆转录合成cDNA;
  3.cRNA合成、扩增及纯化;
  4.cRNA荧光标记号后与基因表达谱芯片进行杂交,芯片结果扫描;
  5.芯片结果分析,对比HCMV感染组和正常对照组基因表达情况,筛选与儿童HCMV感染相关的基因,并对差异基因进行聚类分析、功能注释和生物反应通路分析;
  6.实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR, qRT-PCR)验证芯片结果。
  结果
  1.聚类图显示儿童HCMV感染组和正常对照组之间基因表达谱存在明显差异。
  2.火山图显示儿童HCMV感染组和正常对照组之间差异表达基因有1989个,其中1251个在HCMV感染组中表达上调,738个基因表达下调。
  3.差异基因GO分析示HCMV感染相关的差异表达基因涉及免疫反应、药物反应、炎症反应、细胞分化、细胞粘附等生物学过程。
  4.选取免疫反应类中表达倍数较高的CAMP、DEFA4、SLPI和CLEC4D4个差异基因经qRT-PCR验证,验证结果显示CLEC4D表达趋势与芯片结果相比,差异无统计学意义,CAMP、DEFA4、SLPI基因表达趋势与芯片结果一致。
  结论
  1HCMV感染组和正常对照组外周血基因表达存在明显差异。
  2HCMV感染所致临床表现可能与免疫反应、药物反应、炎症反应等生物学过程相关。
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