论文部分内容阅读
猫冠状病毒（Feline coronavirus,FCoV）在世界猫群中广泛流行,猫感染FCoV可患猫传染性腹膜炎（Feline infectious peritonitis,FIP）,FIP是导致猫死亡的主要传染病之一。我国关于FCoV流行情况及遗传进化等报道较少。鉴于此,本研究对20152018年采集的样品进行FCoV检测,对阳性样品的S基因片段序列与全基因组序列进行遗传进化分析,为我国FCoV的防控及后续研究提供基础数据。为明确我国猫群中FCoV的感染情况,本试验于2015年11月2018年1月在我国10个地区采集54份健康猫粪便样品和115份疑似患FIP猫腹水样品,应用巢式PCR方法进行FCoV检测,对样品的临床症状、地理位置、饲养环境、性别、品种、年龄与FCoV感染的相关性进行分析。巢式PCR检测结果显示,169份样品中126份样品为阳性,FCoV阳性率为74.6%（126/169）,在疑似患FIP猫中FCoV阳性率为75.7%（87/115）,在健康猫中FCoV阳性率为72.2%（39/54）。相关性分析结果表明,FCoV的感染与饲养环境（p=0.006）和年龄（p=0.008）有关。为明确我国猫群中FCoV的流行毒株类型及遗传演化情况,本试验应用巢式PCR方法对FCoV阳性样品的S基因片段进行扩增与测序,对序列进行遗传进化性分析,而后随机选取部分FCoV阳性样品应用二代测序方法进行全基因组测序和遗传进化分析。巢式PCR结果表明,126份FCoV阳性样品中95份样品分型测序,其中91份样品为FCoV-Ⅰ型（95.8%,91/95）,4份样品为FCoV-Ⅱ型（4.2%,4/95）。S基因片段序列分析结果表明,91个FCoV-Ⅰ型毒株核苷酸序列同源性为80.4%100.0%,推导的氨基酸序列同源性为78.6%100.0%;4个FCoV-Ⅱ型毒株核苷酸序列同源性为97.6%99.4%,推导的氨基酸序列同源性为96.4%100.0%;3个FCoV-Ⅰ型毒株（BJ/2017/27,BJ/2018/22和XM/2018/04）在S基因片段序列中存在6个核苷酸缺失(C4 035AGCTC4 040)。S基因片段进化树分析结果表明,91个FCoV-Ⅰ型毒株表现出遗传多样性,4个FCoV-Ⅱ型毒株处于同一个分支,并与台湾毒株表现出较近的亲缘关系。获得4个FCoV-Ⅰ型毒株全基因组序列,全基因组序列进化树分析结果表明3个毒株（HLJ/HRB/2016/10,HLJ/HRB/2016/11,HLJ/HRB/2016/13）形成一个单独分支,HLJ/DQ/2016/01毒株处于另一个分支。基因组序列分析结果表明,本试验鉴定的4个FCoV-Ⅰ型毒株与来自美国的FCoV-Ⅰ型经典毒株Black的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的相似性分别为91.7%92.2%和81.6%82.6%。本研究揭示,在我国疑似患FIP猫中同时存在FCoV-Ⅰ型和FCoV-Ⅱ型毒株,在健康猫和疑似患FIP猫中FCoV-Ⅰ型毒株为主要流行毒株并表现出遗传多样性,并且群居饲养的猫或小于6月龄的猫更容易感染FCoV。