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本研究采用简化基因组法筛选了28对黄鳝的多态性微卫星引物,并利用其中10对多态性较好的引物对江西6个不同黄鳝群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。重点探讨了江西四大水系的水系距离对黄鳝遗传结构的影响。其主要研究结果如下:1.黄鳝微卫星标记的开发和评价利用数据库法和简化基因测序法分析了SSR的分布特征,并对单个重复类型的优势重复基元做了统计分析。根据所获得的SSR序列共开发了35对多态性引物,其中数据库法筛选出了7对多态性引物,简化基因组测序法筛选出了28对多态性引物。利用30个个体分别对筛选得到的引物进行多态性评价。其中,简化基因组测序法来源的SSR在30个个体间获得了165个等位基因,平均每个位点获得了5.89个等位基因。平均观察和期望杂合度为0.3559和0.6076。平均PIC值为0.5623,表明这些位点具有良好的多态性。数据库来源的EST-SSR共获得了29个等位基因,平均每个位点获得4.14个等位基因。平均观察和期望杂合度为0.2470和0.5674。平均PIC值为0.4958。位点的总体多态水平处在中等。本文所用的简化基因组测序法因其简便、快速、低成本等优点,成为开发SSR标记的新选择。2.黄鳝EST-SSR在5个不同物种间的通用性检测利用在黄鳝中成功扩增的13对引物在鲫鱼、鲤鱼、泥鳅、小黄鱼、鳜鱼中进行了通用性检测。其中有7对引物在5个不同物种间得到扩增,5对引物在个别物种间表现出多态性。所获得的7对引物为这5个物种的分子标记资源库积累有效的标记。3.黄鳝6个群体遗传多样性和遗传分化、结构的分析1)群体是否具有较高的繁殖能力和疾病的抵抗力与其多样性是直接相关的,这也关系到黄鳝的生长能力。利用10个多态性位点对江西6个黄鳝不同地理群体的遗传多样性研究发现,黄鳝的群体平均杂合度为0.4439,平均多态信息含量值(PIC)为0.5949(PIC>0.5)表明这些群体具有良好的遗传多样性水平,但总体杂合度偏低。10个位点共扩增出105个等位基因,平均每个位点扩增出10.5个等位基因。各个群体中都出现了无效等位基因情况,其中以赣州市龙南县桃江乡(TJ)群体最为严重。2)群体之间的亲缘关系中,景德镇市昌江区丽阳乡(JDZ)群体与九江市都昌县中馆镇(DC)群体先聚为一类,然后再与抚州市金溪县邹家村(JX)、上饶广丰县五都镇(WD)群体聚类,最后再与萍乡莲花县琴亭镇(LH)、赣州市龙南县桃江乡(TJ)群体聚类在一起。群体之间的遗传距离与水系地理距离存在着一定的关系,特别是DC群体与鄱阳湖水系支流上的其他群体,两者之间的相关系数为0.6842。6个群体的平均Fis值显示,TJ群体具有最大的近交系数值(Fis)。群体存在于水系的多条支流上可能会影响与鄱阳湖源头的DC群体之间的基因交流,使得WD群体在JX群体之后再与JDZ、DC群体聚类。3)群体两两之间的Fst值比较显示,桃江群体相比于其他群体具有较大的Fst值,已经有形成亚种的趋势。AMOVA结果显示群体之间的变异大多是来自群体内部的不同个体间。6个群体从遗传结构上来看可以分为4种遗传群体。其中LH和TJ群体为两种不同的遗传类群,WD和LH群体为另外两种遗传类群。4)群体遗传瓶颈测试分析表明WD、TJ、LH、JX群体可能经历过遗传瓶颈。JDZ、DC、WD群体在两种突变模式下的有效群体数目都超过了1000,表明这些群体拥有较好的资源状态。