随着经济社会发展，海岸带地区资源开发活动越来越多，海洋生态系统特别是近岸海域生态系统受到越来越大威胁。近岸海洋生态系统服务价值是全球生态系统服务总价值最重要的组成部分，近岸海域生态系统健康是实现社会经济可持续发展的重要保证，了解近岸海域生态系统健康状况意义重大。本文是将海洋生态系统健康评价运用于珠海近岸海域这一特定地域，在研究总结国内外海洋生态系统健康研究的基础上，构建了珠海近岸海域生态系统健康评价指标体系，对珠海近岸海域生态系统健康状况进行评价研究，并将评价结论和海洋行业标准《近岸海洋生态健康评价指南》(HY/T087-2005)评价方法得到的评价结果相对照。根据评价结果，进一步分析了珠海近岸海域生态系统健康胁迫因子，初步探讨珠海近岸海域生态系统保护措施，为珠海近岸海域的综合管理提供决策支持。主要研究内容和研究成果包括：1.构建了珠海近岸海域生态系统健康评价指标体系，并应用该体系对2009年至2010年间珠海近岸海域生态系统健康进行了评价。根据评价结果，珠海近岸海域生态系统健康评价指数为0.6827，处于亚健康状态。参照海洋行业标准《近岸海洋生态健康评价指南》（HY/T087-2005）对同样的监测结果进行评价，结果同样为亚健康，评价结果与本文构建的近岸海域生态系统健康评价体系评价结果一致。2.在掌握珠海近岸海域生态系统健康现状的基础上，对珠海近岸海域生态系统健康胁迫因子进行了分析，认为主要胁迫因子依次为：珠江污染物汇入、围海造地、过度渔业捕捞、陆源排放、海上污染等。基于珠海近岸海域生态系统健康胁迫因子分析，本文初步提出了珠海近岸海域生态系统调控和治理措施，分别为：建立近岸综合管理体制；推动区域协调机制建设；规范近岸开发活动；保护生态敏感区域和修复受损生态系统；加强生态保护宣教；完善海上环境灾害事故应急机制。