对技术创新效率进行测度分析，有利于企业向集约型发展方式转变，实现创新资源的高效配置。我国是以公有制为主体、多种经济成分并存的社会主义市场经济国家，产权结构较为复杂，有必要从产权角度对企业创新效率进行分析，这对发挥不同性质企业优势、提高企业创新能力等都具有重要的理论与现实意义。本文通过回顾技术创新效率相关文献，发现存在以下不足之处：大多数研究将技术创新活动看作黑箱，事实上技术创新活动由多个相关联的子过程组成，价值链视角下不同性质企业创新效率问题更值得研究；现有文献未考虑内资、港澳台资和外资企业间的技术差距，这种平面化比较使研究结果简单化，容易误导管理决策，考虑技术差距的创新效率问题值得深入研究；综合考虑价值链和技术差距两因素，在共同前沿框架下分析不同性质企业两阶段效率及技术差距，此类研究并不多见。　　本文首先从价值链角度出发，利用关联型两阶段DEA模型对2005-2010年不同性质企业科技研发和成果转化效率及其影响因素进行分析，研究发现：考察期内我国企业技术创新整体效率仍偏低，两阶段效率偏低成为制约效率提升的共同因素；外资、港澳台资和内资企业创新效率依次递减；国有企业由于创新剩余索取权和剩余控制权的分离，企业研发激励和监督不足，民营企业创新效率相对较高，但总体研发能力有限。而外资企业利用母国技术、品牌和营销优势，在科技成果商业化方面较为成功；Tobit回归分析表明：企业规模的壮大有利于科技研发效率的提升，而科学家&工程师数量与研发效率负相关；企业规模与成果转化效率正相关，而政府支持、金融支持及科学家&工程师数均与成果转化效率显著负相关。其次，充分考虑中间产出的转化以及原始投入的资源配置比例信息，构建共享投入关联型两阶段DEA模型以测算不同性质企业两阶段效率，并对效率收敛性进行检验，研究发现：考察期内我国企业技术创新整体效率不高，两阶段效率均不高，科技研发效率改进空间更大。两阶段效率低于平均水平的企业均占40％以上，主要来自内资企业；内资、港澳台资和外资企业间效率依次递增，且差异较为明显。内资企业中责任有限公司和民营企业创新效率相对较高，是其他内资企业学习的标杆；从收敛性分析结果来看，无论是整体、还是分阶段效率，其变异系数均有不同程度的下降，且不同性质企业间存在绝对收敛趋势，但效率差异仍较大。此外，认识到内资、港澳台资和外资企业的创新生产技术的异质性，基于共同前沿理论和DEA模型的研究发现：两种前沿下我国企业创新整体效率偏低，纯技术效率和规模效率不高，尤其是规模效率更低。内资、港澳台资和外资企业创新效率依次递增，内资非私营企业纯技术效率和规模效率均偏低，私营企业纯技术效率值相对偏低、外资企业规模效率相对偏低，是效率损失的主要原因；共同前沿下的效率均不超过群组前沿下效率值，共同前沿隐含了全国最优技术水平，而群组前沿仅参考的是群组内最优技术。Kruskal-Wallis检验表明，三大类型企业间的技术差距明显，外资企业、港澳台资与内资企业间的技术差距均在0.2之上，且差距存在继续扩大的风险；无效率值分解发现，港澳台资和外资企业效率缺失主要受制于落后的企业管理水平，而内资企业技术差距和管理无效率值均占有一定比例。 最后，综合考虑价值链和技术差距两因素，基于共同前沿理论分析企业两阶段效率及技术差距。结果表明：⑴共同前沿下全国两阶段效率值偏低，港澳台资、外资以及内资企业科技研发效率依次递减。在成果转化阶段，外资、港澳台资和内资企业效率依次递减。⑵两阶段效率排在前面的基本都是港澳台资和外资企业，但Pearson相关分析检验表明，两种效率排名没有明显的正相关性。科技研发阶段纯技术效率和规模效率均偏低，成果转化阶段规模效率偏低，是效率损失的主要原因。科技研发阶段，港澳台资、内资企业以及外资企业TGR值依次递减，在成果转化阶段，内资企业TGR值最低，且存在继续下降的风险。⑶科技研发方面，与港澳台商合资经营等企业无效率主要源于管理水平低下，中外合资经营等企业则受制于落后的研发技术和管理水平。成果转化方面，中外合资经营等企业效率损失因管理不当而起，国有企业等无效率则源于落后的成果转化技术，股份合作企业等无效率则与两因素有关。⑷市场竞争程度、设备技术水平以及消化吸收费用比重等指标均与技术创新效率正相关，而创新氛围在10%的水平下对创新效率的提升起阻碍作用。