【摘 要】
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目的:通过研究公共微阵列数据库及人类癌症基因组图谱获取食管癌的关键基因,并通过生物信息学分析研究所选基因的生物学功能及初步实验验证。材料和方法:首先,从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载GSE17351和GSE45670数据集。此外,检索并下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的食管癌相关的另一数据集。其次,对每个下载的数据集分别使用R语言软件包进行数据预处理和差异
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目的:通过研究公共微阵列数据库及人类癌症基因组图谱获取食管癌的关键基因,并通过生物信息学分析研究所选基因的生物学功能及初步实验验证。材料和方法:首先,从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载GSE17351和GSE45670数据集。此外,检索并下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的食管癌相关的另一数据集。其次,对每个下载的数据集分别使用R语言软件包进行数据预处理和差异表达分析,然后筛选出常见的差异表达基因(DEGs)获得共同差异基因。再次,通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)途径分析对共同DEG进行分析,利用基于STRING网站的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络通过Cytoscape软件选择核心基因。最后,通过癌症基因图谱患者的临床数据评估核心基因在食管癌中的预后价值。另外通过RT-PCR实验,验证了CNKN3mRNA在食管癌中的表达。结果:三个数据集共有335个共同的DEGs,在生存分析中,CDKN3及RAD51AP1与食管癌的预后相关,并且mRNA高表达的患者预后更差。结论:总之,我们的研究表明CDKN3及RAD51AP1可能是潜在的肿瘤癌基因,可作为预测食管癌患者预后的生物标志物。
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