本研究的核心内容是“创新系统”及其理论。创新系统（Innovation System），是国家创新系统（National Innovation System）的简称，这一领域的研究是在学习经济时代下创新理论研究的深化，以独有的系统观念将国家或区域的各种创新活动看作是一个系统化的整体，使技术体系、生产体系和经济体系的有关理论可以统一起来，是一个以系统观对经济系统进行全面审视的新路径，它所产出的创新政策正在世界各国使用，标志着以创新为特征的经济时代的到来。　　本文对“创新系统”概念的产生、发展、及理论化过程等多个阶段进行了描述，对创新系统理论的优缺点以及创新系统时代背景、结构、功能等进行了阐述，勾画了一个立体的、网络式的创新系统框架。循着熊彼特的创新理论、内生经济理论和现有的创新系统理论的前沿发展，本文对创新系统理论的优缺点以及理论规范性上进行了分析，认为该理论是可以起到引导和改善创新政策的作用，并试图建立一个创新系统分析的创新方法研究进路，以对创新系统思想和理论做一点补充。这种创新方法路径的提出，将有利于创新理论、创新系统理论与创新政策、经济绩效的实际联系，可用于引导政府的创新战略和创新政策，也可用于对企业在创新系统中的创新过程进行引导。　　创新方法研究进路的提出，是本研究的重要内容。创新悖论是创新方法建立的起点。微观创新与理论之间存在矛盾，必须要提出对创新系统理论传统分析路径的质疑，并探索建立在创新现象的新特征、新趋势上的新的分析路径。创新方法进路的提出是基于对新时期互联经济中发生的微观创新现象的观察，分析当前典型的创新案例，比较这些创新现象发生的机制与原理，来确立新时期创新经济的趋势与特征，发现不同于知识经济时代和学习经济时代的理论发生背景。通过分析传统创新方法的时代背景、内容、一致性的特征等方面，对传统创新方法进行批判式吸收。基于创新的组件组合与联系的原理与规律，又提出了基于创新组件间组合与联系的创新思想以及新的创新系统理念。通过这种方法，可以从微观上达到促进和维持创新的作用，从宏观有助于为建设和完善创新系统提供思路。创新系统中的创新方法并不是要用于指导人们直接应用于某件产品或工艺的创新，而是提供一个宏观的创新系统治理的思路，以引导创新政策更接近创新系统的事实。本研究试从既有理论以及对现实创新系统的情景分析中建立这样一种对创新系统进行理解的创新方法路径，所建立的创新方法路径区别于传统的创新方法，基于以下假设：（1）以先进的概念、技术、营销模式和发展模式为模型进行模仿，但不限于模仿，应主动超越；（2）打破传统的产业、行业、社群、属性的界限，建立更为广泛的联系；（3）创新以建立新的联系为先决条件；（4）进行更为广泛的交互学习。基于创新组件联系的原理，这种方法包含四个要件或步骤：（1）扩展创新的功能属性；（2）建立更多的“树形”联系结构体系；（3）打破既有“树形”联系结构，使组件走出固化的位置；（4）建立组件间新的联系。　　中国创新系统正面临新的转型机遇。本文对中国创新系统处于转型中的位置和特征，转型的使命以及转型中政府、企业以及研究机构的角色、制度机制特征等方面进行了描述分析。对上海“科创中心建设”政策体系进行立体分析，以一个中观、微观层面的政策分析研究展现中国创新系统的一个切面，总结了上海市创新政策体系存在的明显特征和规律，比如创新政策的层次性分明，结合近年来政策的频率和力度，设计了一套针对上海市情况的分析方法——顶端-低端政策分析方法，以“科创中心建设”政策及其配套的八类政策组成的政策体系为主要内容分析了上海市创新政策的优势和劣势，分析并指出上海市创新政策的特征已由稳健转向积极，而且在科创中心建设的使命下会趋向于更加积极的政策特征。