本文对补充侦查制度问题的研究主要从刑事诉讼的两个环节出发,两个环节研究的侧重点不同。审查起诉阶段补充侦查问题研究主要侧重于司法操作层面中存在的问题,庭审阶段补充侦查问题的研究主要侧重于制度层面存在的问题。本文对刑事诉讼中补充侦查问题研究主要分为以下四个部分。第一部分:对补充侦查制度的概念及种类作出解读,探讨补充侦查制度设立的目的以及功效,然后分别对审查起诉阶段、庭审阶段补充侦查的启动标准作出分析,为后文中两个阶段存在的问题及原因分析做下铺垫。第二部分:本部分分别从补充侦查在审查起诉阶段、庭审阶段存在的问题作出详细论述。其中审查起诉阶段补充侦查主要存在以下问题:退回补充侦查的案件质量普遍不高;“退而不侦”问题突出;退侦文书不规范;公诉人员存在滥用退侦权的现象以及公诉人员很少适用自行补充侦查权。庭审阶段的补充侦查主要在司法操作和制度层面存在问题。在司法操作层面,庭审阶段退侦率高影响了庭审有效发挥并降低了无罪案件的判决率。在制度层面,补充侦查在庭审中的运行违背了控辩平等原则,使法庭审判权受到了冲击。第三部分:本部分主要是对刑事诉讼中补充侦查存在问题的原因分析。审查起诉阶段补充侦查存在问题的原因主要是立法的不完善以及司法机关内部机制存有缺陷等。立法不完善表现在刑事诉讼法未明确界定检察机关退补与自补的案件范围以及未对审查起诉阶段补充侦查启动标准的“等”字作出明确解释,也没有对实务中侦查人员怠于取证、公诉人员滥用补充侦查权等制定相应的制约措施。司法机关内部机制的缺陷主要表现在侦诉关系不畅通、缺少外部案件反馈机制以及内部监管制约机制。司法人员职业水平参差不齐,个别侦查人员、公诉人员职业素养低也是造成审查起诉阶段补充侦查权被滥用的一个原因。庭审阶段补充侦查存在问题的原因主要也是分为两个方面,一方面在于我国刑事诉讼深受传统诉讼文化的影响,重实体、轻程序。另一方面在于庭审中权力关系的不协调。庭审中补充侦查权与法院庭外调查权、核实证据权等存在权利分配上的冲突。第四部分:本部分是对刑事诉讼中补充侦查制度提出完善建议。审查起诉阶段补充侦查问题的完善应该从法律规范上、制度上和司法人员职业水平上分别入手。在法律规范层面,法律应对检察机关退回补充侦查和自行补充侦查的案件范围作出明确的界定划分,并对审查起诉环节补充侦查启动标准中“等”字情形作出明确解释。另外,应当对实务中侦查人员怠于取证、公诉人员滥用补侦权制定相关的制裁措施。在制度完善层面上,笔者提出检察院内部实行侦诉一体化以及公诉引导侦查机制,并建立案件外部反馈机制和内部监管机制。在提升司法人员职业水平上面,司法人员应定期开展培训并注重知识结构的多元化培养。庭审阶段补充侦查问题的完善,笔者认为首要应落实保障庭前会议中补充侦查制度的适用,在审前程序中查明案件事实,以保障庭审的集中有效审理,其次对庭审中补充侦查权的扩张作出限制。