“合作”是现代科技创新无法回避的一大难题,“大科学”时代更强化了人们对科研合作制度与合作效应的关注与重视。作为国家科技发展的支撑体系,大学已出现层次不同、形式各异的科研合作组织形式和运行模式,大学科研合作行为已形成广泛的多重面相,并在科研行动者、资源条件和管理模式等要素支配下构成一种相对稳定和持久的社会性结构,“制度”正是维持和再生产这种结构的重要手段。但是,广泛的合作现象并不一定代表行动者内心真实的合作意志,真实的合作意志又往往很难遭遇一种合理有效的制度结构和制度环境与之相匹配,这既是行动者的困惑,也是制度研究的难题。本文试图通过建立大学科研合作制度的分析框架,探讨大学科研合作的制度化过程及由此产生的制度效应,为大学科研合作的有效性和秩序化提供行动者的逻辑和制度演进的法则,以减少合作中的不确定性和不可预测性,实现科研合作制度的合法性建构。对于“合作制度”的分析,需要选择一种适切的理论视角,本文在借鉴相关制度理论的基础上,确立了“结构-环境-行动者”分析视角,并围绕“行动者”、“制度结构”和“制度环境”三大中心内容进行制度分析和制度建构。大学科研合作是一个复杂的制度化过程,制度结构与制度环境既代表相对静态的组织结构和正式制度,也包涵动态演进的组织规范、习俗惯例和治理结构。只有在“行动者”与“制度结构”、“制度环境”的互动和相互建构中,才能透视这一过程的完整图景；只有成功实现制度的规制、规范和文化-认知功能,科研合作的效应才能得以体现。对于大学科研合作制度及其效应的研究,本文依据制度分析的双重逻辑进行推导,遵从算计取向(calculate approach)和文化取向(culture approach)相结合的原则展开讨论。大学科研合作行为表现为一种制度体系和制度安排,其制度要素的构成,既体现了算计取向的制度逻辑,又包涵了文化取向的制度逻辑,是一种充满双重逻辑的制度体系和制度安排。但与企业的科技合作制度相比,大学更注重文化取向的制度逻辑演进,这是大学与企业组织运行的制度本质差异。本文选择新制度主义理论作为贯穿全文的“支撑性理论”,并将其中的三大支柱性内容——“规制”、“规范”和“文化-认知”渗透到大学科研合作制度功能的分析中。为了避免过于空泛的纯理论分析,选择了大学最具代表性的科研合作制度——课题制以及相关配套政策,作为制度研究和行动分析的基础。研究中发现,在政策功能实现方面,课题制及其配套政策在规范科研行为、促进科研交流与合作、激励科研竞争意识与创新潜能等方面都起到了良好的引导和规制作用；在制度规范功能方面,课题制虽然是典型的外在正式制度,但其运行没有脱离其内在制度的运行轨道,就是高校师生对共享的价值观和知识创新的追求,它们已经内在地转化为学术共同体进行课题制合作必然遵循的规范,而且长期、非正式地受到学术共同体成员的一致维护。在制度的文化-认知功能方面,课题制在用正式制度的约束机制规范科研学者行为的同时,也承载和表达着人们长期积淀、弥散在科研制度化场域中的共同观念和行动意向。课题制的制度化演进就是顺利地将这些个人习惯、群体习俗以及社会惯例和法律规制恰如其分地对象化、外显化于各种实存的制度结构中,实现课题制的目标效应。通过对H大学“数字制造装备与技术国家重点实验室”的案例研究发现,大学主要的科研合作运行模式有两种：战略型合作与战役型合作。两种合作模式的科研团队在运行方式、交流方式、工作任务、薪酬体系和信任文化等方面存在差异。案例一方面反映出大学科研组织中长期形成的有利于团队合作的组织惯例、文化习俗和潜在规范,另一方面也揭示出目前高校科研合作面临的困境和学术异化倾向。本文从制度梗阻和文化空缺的角度探寻了这些制度负效应背后的深层次原因。研究结果表明,中国高校科研合作的制度结构中并不缺少正式制度供给的外力规制作用,科研合作制度是否能产生积极的效应,应该视其是否具有制度的合法性来判断。制度的合法化过程是行动者与广泛的规范体系和文化结构不断融合的过程,规范整合与文化牵引是高校科研合作制度合法性建构的核心任务。基于行动者的行动往往受动机和价值的双重驱动,一方面需要将行动者的动机系统转化为规范系统,实现规范整合；另一方面将行动者的价值观系统转化为文化系统,实现文化牵引。社会规范与文化因素对行动者起着制约、塑造、渗透和革新的作用。