肿瘤中MiR-196a-3p的靶基因预测、验证及功能分析

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[目的]利用microRNA靶基因预测网站以及功能分析网站对miR-196a-3p进行靶基因预测及通过细胞株进行验证,并进行相关生物信息学分析,为深入研究miR-196a-3p在肿瘤形成、发展中的调控机制提供指导。[方法]第一部分:根据不同靶基因预测软件的打分规则,从microRNA靶基因预测软件DIANA-MICROT、MIRDB、MICRORNA、TargetScan 中获得分别预测的靶基因,取得四个数据库的交集,得到可靠的靶基因。第二部分:1.人工合成的miR-196a-3p模拟物转染入MDA-MB-231、OCI-LY3,实现miR-196a-3p在细胞株中的高表达;2.利用实荧光定量时PCR检测转染miR-196a-3p模拟物后,细胞中候选靶基因的表达变化。第三部分:利用NCBI Gene、KEGG数据库对验证后靶基因进行功能注释,使用String、Panther蛋白互作检索工具进行靶蛋白的蛋白相互作用网络分析及存在蛋白互作关系的蛋白进行了生物途径富集和生物过程注释。[结果]第一部分:应用四大生物信息学网站结合NCBI Gene、KEGG、Genecards数据库预测出了 miR-196a-3p 的靶基因,通过 miR-Ontology Database,Tumor Suppressor Gene Database和Cancer Gene Census筛选出候选靶基因中的原癌基因ARF4、CORO1C、ZNF280B、NRP2作为候选靶基因。第二部分:转染了 miR-196a-3p mimic后的MDA-MB-231细胞的NRP2的表达量受到明显抑制(P<0.05),进一步的Western blot实验结果表明,NRP2蛋白的表达量与TGF-p1呈正相关,与miR-196a-3p呈负相关,提示miR-196a-3p参与乳腺癌的发生发展过程是通过其低表达进而引起其下游靶基因NRP2表达上调实现的。而转染miR-196a-3p mimic后OCI-LY3细胞的ARF4、ZNF280B蛋白表达水平明显下降,提示miR-196a-3p参与弥漫大B淋巴瘤的发生发展过程是通过其低表达进而引起其下游靶基因ARF4、ZNF280B表达上调实现的。第三部分:与ARF4存在相互作用的基因,分别为ARF1、ASAP1、GBF1、ARFGAP3、COPG2、ARFGAP1、COPG1、PLD2、ARFGAP2、COPB2,与NRP2 存在相互作用的基因,分别为 NRCAM、PLXNA4、PLXNA3、SEMA3A、PLXNA1、SEMA3F、FLT4、KDR、FLT1、VEGFC,与ZNF280B存在相互作用的基因,分别为 ZNF280A、PSIP1、POTEE、POTEI、POTEJ、POTEF、HSFY2、HSFY1、SETD4、RIPK4,主要参与的生物学过程有胞外刺激调控、细胞生长、定位、代谢等。[结论]利用靶基因预测网站结合基因功能分析网站预测出miR-196a-3p的候选靶基因ARF4、CORO1C、ZNF280B、NRP2。NRP2、ARF4、ZNF280B 为 miR-196a-3p 的下游可靠靶基因,miR-196a-3p参与肿瘤的发生发展过程可能是通过引起其下游靶基因NRP2、ARF4、ZNF280B表达上调实现的。
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