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本研究以GDF9、FSHβ、GnRHR、BMP6、BMP15、FSHR、PRL、PRLR、RBP4、PGR、GHR、CAST、ESR、FGF5、IGF1和PROP1基因为研究对象，通过混池测序对上述基因的启动子和外显子区域进行多态性检测，共发现52个SNP位点。利用MALDI-TOF技术对SNP进行分型，并对SNP遗传效应进行分析。结果如下： 1.百草公司的獭兔A、D和R系的产仔数较B系分别高0.89、0.44、0.75只，品系间差异显著（P＜0.05）；A、D和R系的出生窝重较B系分别高41.14g、31.25g、42.68g，差异显著（P＜0.05）；A系的21日龄窝重较B、D、R系分别高出143.19g、98.86g、133.32g，差异为显著（P＜0.05）；在活仔数、断奶数及断奶窝重上，各品系间无显著差异（P＞0.05）。 2.本试验共发现52个SNP位点，包括BMP15基因上的位点22、23、27，BMP6基因上的位点28、29、30、31，CAST基因上的位点24、25、32、33，ESR基因上的位点44，FGF5基因上的位点45，FSHR基因上的位点7、8、17、43，FSHβ基因上的位点10、21，GDF9基因上的位点6、13，GHR基因上的位点2646、47、48、49、50， GnRHR基因上的位点41，IGF1基因上的位点51，PGR基因上的位点14、16、34、35、36，PRL基因上的位点12、40，PRLR基因上的位点3、9、11、15、18、19、37、38、39，PROP1基因上的位点52，RBP4基因上的位点1、2、4、5、20、42。其中位点1、6、10、12、13、18、22、23、25、30、33、37、39、44、45、46和50为错义突变，并且位点22、23为移码突变，位点46引起了开放阅读框的改变。 3.本试验检测到的52个SNP位点中，对产仔数产生显著影响的有位点10、12、15、21、40、41、50；对活仔数产生显著影响的有位点12、15、36、40、41、49、50；对出生窝重产生显著影响的有位点10、49、50；对21日龄窝重产生显著影响的有位点2、3、9、11、14、16、18、19、21、26、43、47、52；对断奶数产生显著影响的有位点6、13、36、37、38；对断奶窝重产生显著影响的有位点33。 4.对目标基因的SNP位点进行单倍型构建及关联繁殖性状和效应分析发现：BMP6基因上的ACG单倍型对断奶窝重影响显著（P＜0.05）；GHR基因的7种单倍型在断奶窝重重产生了显著差异（P＜0.05）；PGR基因的单倍型H9*H11互作对产仔数、活仔数和21日龄窝重显著（P＜0.05）；PRLR基因的5种单倍型间多重比较在21日龄窝重显著差异（P＜0.05）。 本研究对GDF9、FSHβ、GnRHR、BMP6、BMP15、FSHR、PRL、PRLR、RBP4、PGR、GHR、CAST、ESR、FGF5、IGF1和PROP1基因的52个突变位点，与繁殖性状关联分析，共发现27个位点对繁殖性状影响显著。BMP6、GHR、PGR、PRLR基因上的单倍型与单倍型互作对繁殖性状产生显著影响。结果表明GDF9、FSHβ、GnRHR、FSHR、PRL、PRLR、RBP4、PGR、GHR、CAST、BMP6和PROP1基因可能是影响獭兔繁殖性状的主效基因，或与主效基因连锁。本研究筛选出的27个SNPs及单倍型均可开发为用于獭兔繁殖性状选育的分子标记。