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百合科（Liliaceae）贝母属（Fritillaria L.）包括许多重要的药用植物，多数种类的鳞茎具有清热润肺、止咳祛痰的功效。据记载该属约有130种，以地中海北岸、伊朗、土耳其等地区分布的种类最丰富。先后发表的中国贝母属的种及变种达100余个，《中国植物志》记载20种2变种；《四川植物志》记载43种和19个变种，其中四川产15种，4变种；《F lora o f China》记载有24种，4变种，其中15种属我国特有种；Pla nt lis t数据库收录的国产贝母属植物有24种，1变种。国产贝母属植物在横断山脉地区种类最丰富，是川贝母的传统产区，但其分类分歧较大。本研究通过分子系统学手段厘清贝母属物种的分类地位与系统发育关系，为贝母类药材基原的准确鉴定，保证其临床用药的真实性，指导川贝母资源的合理利用提供基础数据。主要研究结果如下： 1、筛选贝母属植物序列引物共88对，其中核基因组引物6对，叶绿体基因组引物39对，线粒体基因组引物43对。确定核基因组 ITS、CHS序列和叶绿体基因组ycf15、rpoB-trnC、ycf4-cemA、trnS-trnG、rpl16、trnG intron、psbE-ORF31等7条序列作为贝母属植物分子鉴别序列。 2、基于核基因组ITS、CHS序列和叶绿体基因组ycf15、rpoB-trnC、ycf4-cemA、trnS-trnG、rpl16、trnG intron、psbE-ORF31序列对贝母属植物20个物种共27个居群，每个居群3个个体测序，得到贝母属植物序列共计687条。基因序列分析，发现暗紫贝母F.unibracteata、长腺贝母F.unibracteata var. longinectarea和瓦布贝母F.unibracteata var. wabuensis的ycf15、ycf4-cemA出现大量碱基缺失，可将其作为这3个物种（或变种）的特征鉴别序列。核基因及叶绿体基因序列分别进行了联合分析，表明长腺贝母F.unibracteata var. longinectarea亲缘关系与暗紫贝母F.unibracteata极为接近，本研究结果支持《四川植物志》和《Flora of China》将长腺贝母F.unibracteata var. longinectarea作暗紫贝母F.unibracteata的变种处理。叶绿体基因组序列分析表明瓦布贝母F.unibracteata var. wabuensis与暗紫贝母 F.unibracteata亲缘关系极为接近，核基因序列分析表明瓦布贝母F.unibracteata var. wabuensis遗传分化距离与华西贝母 F.sichuanica居群（BH）最近，其次与暗紫贝母F.unibracteata和华西贝母F.sichuanica居群（BHX）近。推测瓦布贝母F.unibracteata var. wabuensis可能是以暗紫贝母F.unibracteata为母本，华西贝母F.sichuanica为父本形成的杂交种群；同时本研究结果支持P la nt lis t数据库将瓦布贝母F.unibracteata var. wabuensis作为暗紫贝母F.unibracteata变种。 3、利用本研究获得的贝母属物种与NCBI下载的全球60个贝母属物种的ITS、rpl16序列构建的系统发育树聚类结果，进一步支撑了 Rix将贝母属修订为8个亚属的观点。研究结果表明，中国贝母属植物包括4个亚属，即多鳞亚属（Subg.Davidii），仅米贝母F.davidii1种；轮叶亚属(Subg.Liliorhiza)，仅轮叶贝母F.maximowiczii1种；多花亚属（Subg.Rhinopetalum），仅砂贝母F.karelinii1种；贝母亚属（Subg.Fritillaria），包括国产贝母的其它种类；《中国植物志》中将贝母属分为贝母组 Sect. Fritillaria、多鳞片组 Sect. Liliorhiza（包括米贝母F.davidii和轮叶贝母F.maximowiczii）和多花组Sect. Theresia（砂贝母F.karelinii）3个组欠妥，建议将贝母属米贝母F.davidii和轮叶贝母F.maximowiczii分为不同亚属更为合理。 4、确立了 I TS作为贝母属植物物种 DN A鉴定主条码，辅助使用叶绿体序列rpoB-trnC、trnS-trnG作为贝母属物种鉴定的DNA条形码组合效果最佳。基于ITS、rpoB-trnC、trnS-trnG DNA条形码组合构建的贝母属不同物种ML系统发育树， Boots trap支持率多在90以上，可信度较高，可用于不同贝母属植物的鉴别。 5、基于核基因组ITS与叶绿体基因组 rpoB-trnC、ycf4-cemA、trnS-trnG、rpl16、psbE-ORF31，对川贝母复合群的53个居群共计150个个体进行分析，获得川贝母复合群基因序列共计900条。通过ITS和5条叶绿体序列联合矩阵分析表明，横断山脉传统的川贝母产区包括川贝母F.cirrhosa、华西贝母F.sichuanica、大金贝母F.dajinensis、甘肃贝母F.przewalskii、暗紫贝母F.unibracteata、长腺贝母 F.unibracteata var. longinectarea、浓蜜贝母 F.mellea、瓦布贝母F.unibracteata var. wabuensis、绿黄贝母 F.cirrhosa var. viridiflava、中华贝母F.sinica等，而榆中贝母 F.yuzhongensis、太白贝母 F.taipaiensis、川贝母F.cirrhosa（芒康居群）和梭砂贝母F.delav ayi遗传遗传距离较远。川贝母复合群可归并为川贝母F.cirrhosa、华西贝母F.sichuanica、大金贝母F.dajinensis3个物种。从叶绿体基因母系遗传角度看其母系主要来自于上述3个物种，从核基因ITS序列看，其父系来源于康定贝母 F.cirrhosa v ar. ecirrhosa、暗紫贝母F.unibracteata、甘肃贝母 F.przewalskii、华西贝母 F.sichuanica、大金贝母F.dajinensis、浓蜜贝母F.mellea、瓦布贝母F.unibracteata var. wabuensis等多个物种（或变种）。表明川贝母复合群可能是由多个物种杂交渐渗（introgression）机制形成的复杂分类群。