水稻(Oryza sativa L.)属禾本科稻属植物,是世界一半人口的主要食物。水稻在长期的驯化过程中,野生稻与栽培稻之间以及栽培稻两个亚种粳稻和籼稻之间在形态学特征和生理生化等方面都发生了一定的分化。而与农艺性状相关的遗传分化一直是水稻研究的重要内容。可变剪切是生物形成不同转录本的直接原因,对动植物的生长、发育、信号转导等生物学过程具有重要意义。本研究以野生稻和两种栽培稻作为研究对象,选取具有代表性的66个水稻品种,利用转录组测序技术,对野生稻和栽培稻的可变剪切进行全基因组差异研究。在此基础上,使用rMATS分析了野生稻和栽培稻的可变剪切事件,筛选出野生稻与栽培稻之间,栽培稻中粳稻和籼稻之间的差异可变剪切基因并做了GO富集分析,同时对与农艺性状相关的重点基因进行了注释分析。主要研究结果:1.基于野生稻和两种栽培稻的转录组数据,过滤后经与参考基因组比对,野生稻有76.28%能比对到参考基因组上,粳稻有84.54%能比对到参考基因组上,籼稻有77.87%能比对到参考基因组上。2.在栽培稻两大亚种粳稻与籼稻中,共有7301个基因发生了可变剪切事件,其中外显子跳跃为主要类型。其中121个为差异可变剪切事件,有56个基因相关。野生稻与粳稻分化过程中,共有6015个基因发生了可变剪切,其中有40个是差异可变剪切事件,相关基因38个。籼稻与野生稻之间,共有6123个基因发生了可变剪切,其中13个差异可变剪切事件,与12个基因相关。3.对差异可变剪切基因进行GO富集分析的结果显示差异可变剪切基因主要与代谢过程、催化酶活性、物质结合及细胞组分相关。4.从106个差异可变剪切基因中筛选了10个与农艺性状与胁迫响应等相关基因并进行表达量分析。本研究结果对于理解水稻驯化过程中,野生稻与栽培稻间以及栽培稻两个亚种间的遗传分化具有重要的意义,同时也为后续的品种改良提供了理论基础。