我国自2011年末在交通运输业和现代服务业推行营业税改征增值税政策以来,由于税务改革过程中遇到的一些实际问题,营改增政策使得部分物流企业的税负成本不降反升。针对这些问题,本文首先对我国公路物流运输行业现状及营改增政策的推行现状进行梳理。其次,本文分别在征收营业税、增值税情况下建立分散型物流服务供应链模型,在对模型进行求解并进行数值分析后,验证了目前物流服务供应链存在集成商实际获得的增值税发票比例较低、承运商成本可抵扣范围较小、增值税税率较高等问题。随后,为物流服务供应链模型引入集成商与承运商之间的回购契约,通过对带有回购契约的模型进行求解分析,得知带有回购契约的物流服务供应链的税负水平要低于没有契约机制的物流服务供应链。最后,本文就物流运输行业应对营改增后部分企业税负水平上升这一问题,结合前文的定量分析结果,分别从增值税发票获取比例的上升、承运商成本可抵扣范围的增大、增值税税率的降低及促进供应链合作伙伴关系的建立等四个角度提出具体的政策建议。