2002年《中华人民共和国水法》（以下简称《水法》）第3条修改，使得我国水资源所有权归属历经了由国家或集体所有到统一收归国家所有的转变，水资源国家所有权与农民集体所有并行被水资源国家所有权所取代。大部分学者对于此次水法的修改予以肯定，并从多角度论证支撑，却鲜少有学者提出反对意见。从法律修改本身及修改之后农村用水现状来看，改变农村水资源集体所有权引发了诸多争议。一方面将属于农民集体所有的水资源无偿收归国家所有，损害了农民集体的财产权益。另一方面，改变农村水资源集体所有权割裂了农村水资源归属农民集体传统习惯法的延续性，导致集体成员的观念与认知受到冲击，严重影响了农村地区既有用水权益的保障。由此来看，2002年《水法》修改将农村水资源收归国家所有的做法在理论与实践上都难以自洽。
　　进言之，水资源国家所有权深陷理论与实践的诘难，左右着农村用水权益的实现。水资源国家所有权的先天弊病——主体性质不明与权利属性界定困难，桎梏着水资源所有权权能实现。集体经济组织仅对其水塘、水库中水资源享有无偿使用权，对于其他水资源通过取水许可与支付水资源费获得取水权。而地方政府在配置水资源时，公权属性容易吞噬私权主体身份，导致水资源国家所有权异化为管理权，使水资源配置带有浓厚的地方利益色彩，体现在农村用水上的是，牺牲农用用水以让位于工业、娱乐等用水需求满足。与此同时，水资源使用费的收取，不仅提高农民的生产成本，而且这种通过有偿付费获得水资源反而使农民产生只要付费便可随意使用的心理，最终造成农村水资源的严重污染与浪费。由此可见，将农村集体水资源收归国家所有的做法显然值得反思与探究。
　　事实上，农村水资源归属农民集体是我国从古代沿袭至 2002 年的民间习惯法中的重要内容。自先秦以来，鉴于水资源与其土地载体、水利工程关系十分密切，农民集体实际占有水资源通过修建水利工程共享水资源使用权。因此，将原属于农民集体土地之中的水资源全部剥离收归国家所有权的做法不仅违背逻辑，而且缺乏现实操作性。同时，农村地区形成了体系性的水资源利用秩序与规则，这些秩序与规则在实践中不断地发展与丰富，最终成为维护农村水利社会稳定的民间习惯法并长久地沿袭下来。国家对此不仅予以支持，还关注到水资源的社会属性，通过“均水”理念影响农村水资源分配，以此保障农民个体的用水权益。
　　历史与现实要求重新确立农村水资源集体所有权。毋庸置疑，农村水资源集体所有权是一种本土性物权，本质上属于民法私权范畴。首先，从所有权主体来看，农村水资源所有权主体是农民集体，农民集体是一个群体性概念，需由集体经济组织法人或村民委员会法人代为行使所有权。其次，农村水资源所有权客体具有特定性，可依据水资源与土地、水工程的关系加以确定。根据不可分拨资源理论与土地所有权理论，若某水体或水工程完全位于一个土地所有权主体土地之上，则土地所有权主体对该水体或水工程中水资源拥有所有权，如此便可避免水资源利用负外部性影响第三人、社会公众利益，也为将农村集体水资源纳入水权交易市场提供更为直接的安排。鉴于农村水资源集体所有权的本土物权属性，完全用现代物权理念解释具有不契合性，因而，应当用发展的眼光具体看待农村水资源集体所有权，在实践中弥补理论的不适。
　　在实现农村水资源所有权过程中，首先应当明确所有权结构，合理设计代行主体的治理结构。同时，应明晰水资源使用权取得规则，以此保障个体成员的用水权益。农村水资源集体所有权的本土性还要求对农村用水习惯法进行继承和发展，从而保障成员的平等用水机会。此外，相关主体间利益冲突问题的解决也影响着农村水资源所有权的实现。显然，任何权利行使都有界限。水资源与社会联系密切性使然，农村水资源集体所有权的实现绝非无所限制。农村水资源集体所有权面临着公法与私法的双重约束，私法限制主要表现为权利行使具有边界性，不得损害第三人、社会公共利益；而公法限制则主要体现在对使用客体与使用方式加以干预，如给予生态水、水源地等特殊保护等。在此过程中，应当警惕公权力过度扩张而侵蚀私法所有权问题。