基于COⅠ和28S rRNA的小蠹亚科与金龟科部分种分子鉴定

来源 :河北农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:Jany9538235
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小蠹和金龟甲均为我国农林生产中的重要害虫,传统的形态学分类对于幼虫、破碎虫体或是相似种的鉴定较为困难,因此需要探索新的技术和方法来弥补传统形态学分类的不足。本试验以5种保存方式下的落叶松八齿小蠹为材料,分别采用试剂盒法和改良CTAB法进行DNA提取,来探讨最佳DNA提取方式和标本保存方式;以河北、黑龙江及上海三地采集的9属13种小蠹和安徽、河北、湖北及浙江四地采集的6亚科24种金龟甲为研究对象,采用PCR手段获得其CO Ⅰ和28S rRNA基因序列片段,对所获基因序列进行数据分析和构建系统发育树,探讨分子方法鉴定两类昆虫部分种类的可行性,以解决生产实践中金龟甲幼虫(蛴螬)和小蠹幼虫、成虫残体等鉴定困难的问题。同时,通过分析基因序列探讨两类昆虫同科或同属内不同个体间的差异,确定其亲缘关系和进化地位,为研究系统进化关系提供理论基础。主要研究结果如下:1、采用试剂盒法和改良CTAB法对5种保存条件下落叶松八齿小蠹进行总DNA提取,对所提取的基因组总DNA进行分光光度值的测定以及COⅠ分子标记基因PCR扩增,结果显示:对于75%酒精和干制两种方式保存的标本,两种方法提取的DNA浓度差异较小,而对于采用无水乙醇和超低温冰箱两种方式保存的标本,改良CTAB法能提取到浓度较高的DNA,且后期引物测试效果较好,所以采用改良CTAB法进行后续试验。无水乙醇和超低温冰箱两种保存方式均可提取到高质量的DNA,但是考虑野外采集标本的便携性问题,宜采用无水乙醇保存。2、以CO Ⅰ,28S rRNA为目的基因,对河北、黑龙江及上海地区采集的9属13种小蠹进行基因序列分析,结果表明:所获10种小蠹CO Ⅰ基因片段(不含引物)长为651 bp,保守位点(C)270个、变异位点(V)377个,A+T含量(62.2%)明显高于G+C含量(37.8%),表现明显的A+T碱基偏好性,符合昆虫及动物线粒体基因碱基偏好性特点。全体位点的转换主要发生在C与T之间,颠换主要发生在A与T之间,转换/颠换比值(R值)为0.8,替换总数共194次,主要发生在第三位点。CO Ⅰ基因编码蛋白质氨基酸中Leu,Ile,Gly含量较高,编码Leu的密码子UUA频率最高。所获13种小蠹28S rRNA基因片段(不含引物)长为633 bp,保守位点(C)317个、变异位点(V)216个,G+C含量(50.8%)明显高于A+T含量(49.2%),表现明显的G+C碱基偏好性,符合昆虫及动物核基因碱基偏好性特点。全体位点的转换主要发生在A与G之间,颠换主要发生在T与A之间,转换/颠换比值(R值)为1.1,替换总数共106次,主要发生在第二位点。核28S rRNA基因编码蛋白质氨基酸中Ser,Arg,Leu含量较高,编码Leu的密码子CUU使用频率最高。两基因小蠹样本间遗传距离标准差均小于0.050,差异显著;南北部地区(上海/河北、黑龙江)组间平均遗传距离大于两地区种内平均遗传距离,说明存在地理种群差异。COⅠ与28S rRNA基因构建的系统发育树均划分为南北地区两大分支,但28S rRNA基因更能清晰地将外群区分。3、以COⅠ,28S rRNA为目的基因,对安徽、河北、湖北及浙江采集的6亚科24种金龟甲进行基因序列分析,结果表明:所获23种金龟CO Ⅰ基因片段(不含引物)长为658bp,保守位点(C)311个、变异位点(V)313个,A+T含量(58.5%)明显高于G+C含量(41.5%),表现明显的A+T碱基偏好性,符合昆虫及动物线粒体基因碱基偏好性特点。全体位点的转换主要发生在C与T之间,颠换主要发生在A与T之间,转换/颠换比值(R值)为0.9,替换总数共138次,主要发生在第一位点。CO Ⅰ基因编码蛋白质氨基酸中Ser,Leu,Pro含量较高,编码Ser的密码子AGC频率最高。所获22种金龟28S rRNA基因片段(不含引物)长为600bp,其保守位点(C)286个、变异位点(V)248个,G+C含量(53.4%)明显高于A+T含量(46.6%),表现明显的G+C碱基偏好性,符合昆虫及动物核基因碱基偏好性特点。全体位点的转换主要发生在A与G之间,颠换主要发生在T与C之间,转换/颠换比值(R值)为1.2,替换总数共94次,主要发生在第一位点。28S rRNA基因编码蛋白质氨基酸中Arg,Ser,Leu含量较高,编码Leu的密码子CUU使用频率最高。CO Ⅰ和28S rRNA基因遗传距离显示,丽金龟亚科、犀金龟亚科COⅠ基因种内平均遗传距离大于28S rRNA基因,花金龟亚科与鳃金龟亚科种内平均遗传距离结果相一致,其中犀金龟亚科与斑金龟亚科间遗传距离最小,鳃金龟亚科与斑金龟亚科间遗传距离最大。CO Ⅰ与28S rRNA基因构建的系统发育树均划分为鳃金龟亚科和花金龟亚科两大分支,丽金龟、斑金龟、犀金龟等依亲缘关系远近而交叉其中。4、采用线粒体COⅠ与核28S rRNA基因进行数据联合分析,结果表明利用分子生物学手段可以对小蠹和金龟清晰归类。核28S rRNA基因所反映的13种小蠹和23种金龟甲种内和地区间的差异要小于线粒体CO Ⅰ基因所反映的差异,显示出CO Ⅰ基因进化速度比28S rRNA基因快,说明CO Ⅰ基因更适于相似种、近缘种的分类,而28S rRNA基因更适于科级以上水平的分类。
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