2015年国家正式通过《京津冀协同发展规划纲要》，京津冀协同发展成为三大国家战略之一。在京津冀协同发展战略实施的5年之中，取得了一系列成果，但仍存在着大量亟待解决的问题。今天的京津冀协同发展，不仅仅是简单的共同发展，而要依靠创新驱动，走一条区域协同创新发展的新道路。
　　本文从京津冀产业结构优化出发，对京津冀协同创新发展进行研究。在理论上充分考虑到京津冀13个城市的发展不平衡问题，建立了京津冀13城市创新协同发展的产业结构优化模型。首先，分析传统的产业结构优化模型。其次，在原有方法的基础上，进一步思考创建改进DEA-SFA的产业结构优化模型，较传统模型来说，该模型考虑随机干扰以及管理无效率对投入变量的影响，利用随机前沿分析模型对随机干扰和管理无效率进行识别剔除，得到修正的投入变量。再次，将这些变量引入京津冀产业结构优化模型，并将其作为投入变量，计算京津冀产业结构优化结果。最后，对改进DEA-SFA的产业结构优化模型与原有模型进行比较发现，改进的模型可以弥补原有模型外部干扰过大的缺陷。
　　从实证角度分析，选取2008-2017年京津冀地区13个城市三次产业的面板数据，设定合理的投入、产出变量和创新环境变量，运用改进DEA-SFA的产业结构优化模型对京津冀产业结构优化进行研究分析。得到2017年的唐山市的第一产业效率最优，2016年北京市的第二产业效率最优，2016年北京市的第三产业效率最优，均达到有效前沿面。然后采用回归模型对三次产业边际影响效率进行测算，得到北京二三产业的边际影响力都是0.93，天津第二产业的边际影响最大，石家庄、承德、秦皇岛、唐山、邢台与邯郸的第一产业边际效率高于第二产业与第三产业，保定与沧州第二产业的边际效率更高一点，廊坊、衡水的三次产业边际效率相差不大。根据实证结论，提出创新驱动发展战略下产业结构的优化措施与建议，丰富了区域协同创新发展理论，为京津冀区域协同创新发展有一定的支撑作用，也为其他区域协同创新发展研究提供了参考依据。