自然保护区的管理成效对国家生态安全和可持续发展具有基础性的影响。但我国自然保护区在管理中普遍存在“保护绩效难上台阶、功能没有全面发挥、社区发展普遍落后”等共性问题。为此,本文主要基于经济学理论,分析了这些问题产生的制度成因,并结合国情提出了相关体制与机制的完善方案。研究表明,在自然保护区管理中,管理机构、保护区周边社区、基层地方政府、上级地方政府、营利性和非营利性社会力量、有兴趣的公众和媒体等都是不同程度的利益相关者,相关体制与机制使其在参与自然保护区管理中的动机和力量呈现种种差异,管理机构“无力”、周边社区“使坏”、社会力量“无门”因此成为常见现象。总的看来,.管理单位体制不顺是问题产生的主要体制成因。管制经济学中的“俘虏理论”认为,利益集团间为追求利益最大化,可能“合谋”以对付更高一级或同级的政府或组织。而名义分级管理和财权事权不相称使保护区管理者易为社区和企业所“俘获”,以牺牲环境资源为代价谋求经济利益；资金机制的缺陷是问题产生的直接成因。在资金来源不足、分配不合理的情况下,社区未得到应有的补偿,保护与发展间形成了零和博弈,矛盾冲突显著,严重影响保护成效；管理单位体制不顺和资金机制的缺陷也使社会力量参与机制不完善,加大了自然保护区的管理困难,使管理机构更加“无力”。鉴于资金约束将长期存在,除了提高国家资金投入和鼓励社会力量参与以外,现阶段应着重提高有限资金的使用效率。首先,要改革管理单位体制。根据“物品的性质及价值决定供给方式”理论和“市场大小决定分工深度”理论,应构建“分类管理、公私结合”的管理单位体制。一方面要根据资源的重要性、稀缺性等对保护区进行分类,明确政府和营利性社会力量的职责边界,实施区别化管理；另一方面要根据保护区内所开展的活动对环境的不同影响,对其进行分类,界定营利性机构经营的空间范围和业务范围。通过这样的分类,能优化国家行政资源的配置,充分发挥社会力量的作用。另外,要调整生态补偿资金的使用方式,其中,经济激励是一种有效的探索。研究指出,将补偿资金用于产业结构升级以获取更多长远的经济收益,并提高资源破坏的机会成本,能有效激励社区居民自觉保护自然资源。通过以上改革,可以完善保护区的管理体制和机制,促进其更快更好地发展。