土地作为一种重要的生产要素，只有进行流动，才能提高其使用效益，也只有合理流动才能真正体现土地生产要素的性质，因此土地的流转是必然的趋势。然而受到主客观因素的影响，农村土地流转纠纷冲突频频发生，成为影响农村社会和谐稳定的重点和热点问题。我国存在土地的国家所有权和集体所有权的二元结构，二者处于不平等的法律地位，国家所有权大于集体所有权。当我国的土地需要开发建设时土地的集体所有权只能变更为国家所有权，然后再由国家将土地划拨或出让给土地使用人，排除了农民开发土地的合法性，使农民集体土地所有权成为有限的所有权，农民土地权利的财产属性不能彰显。在农村土地使用权流转中，由于我国法律对农民和集体的规定不明确，对集体权利的行使留下了可随意操作的空间。造成了存在于农村土地上的相关权利的冲突，严重侵害了农民的利益。因此本文拟通过分别对我国农村土地流转中出现的所有权流转以及使用权流转的冲突，结合相关的法理学理论，总结出应对和协调以上冲突的对策。在法律制度层面通过明确界定“公共利益”的范围，合理定位政府的角色，健全集体土地所有权的权能，提高征地补偿标准，明确农民集体的农地权利，保障农民个人的农地权利，等一系列完善措施以期对农村土地在流转过程中产生的权利冲突进行协调，保障农民的基本土地权利。只有保障了农民的生存和发展，最终才能使我国的农村土地流转能够更加合理有效的开展。