随着人民群众对生活环境要求的不断增高,政府空前重视环境问题,持续加大财政投入。不仅城市环境,农村环境治理也不放松。做好农村环境综合整治专项资金审计,对提高政府农村环境治理效能,其作用不可替代。但由于农村环境综合整治专项资金审计时间不长,缺少理论指导,对于资金使用效益更是关注不足,工作开展有些力不从心。本文梳理了专项资金审计及农村环境治理领域的相关国内外文献,通过分析国内外学者对环保专项资金审计的研究程度、研究结论,突出我国环境综合整治专项资金审计在农村环境建设中的作用,分析我国开展该项审计工作的不足。在政府受托环境责任、可持续发展观、成本效益理论和环境外部性理论的基础上,围绕S省农村环境综合整治专项资金审计案例进行研究,以期找出全国环境综合整治专项资金审计存在的共性问题。分析发现,我国环境综合整治专项资金审计工作的开展在审计内容、审计方式方法、审计评价、审计人员、审计结果应用方面都受到不同程度的制约。当前,我国农村环境综合整治专项资金审计主要聚焦在资金使用的合规性、项目开展的合法性,审计方法较为单一,多使用查阅文件、面谈等传统方式,环境治理效果的评价基本来源于现有法律、专家领导指示和往期工作经验形成的惯例,其合理性有待商榷。由于环境的特殊性,资金使用效果无法横向比较,且几乎以事后审计为主,复合型审计人员短缺,审计结果的应用效果不足。因此,笔者结合相关理论研究和实践总结,提出以下建议:第一,扩展审计覆盖面;第二,多角度评价农村环境综合整治专项资金使用效益;第三,加强审计人才培养和外部资源利用;第四,创新审计方式方法;第五,强化审计的全过程监督,重视审计结果整改落实,推进研究型审计。本文的创新之处在于:一是研究视角。国内开展了对环保专项资金审计的研究,但针对农村领域的研究较少,本文研究农村环境综合整治专项资金审计,作为农村研究领域的一个补充,丰富了研究视角。二是建议的针对性和可行性。一方面,本文针对农村环境综合整治专项资金审计的特点、现存问题,结合笔者在S省审计厅半年的实习经历,根据获取到的一手案例资料进行剖析,提供可行建议;另一方面,以往关于环保专项资金审计的优化对策研究主要集中在审计人员、大数据审计方式、丰富审计内容等方面,本文在此基础上,针对性提出与领导干部自然资源资产离任审计结合、增强部门协调、推进研究型审计等优化建议。