水稻褐变穗是我国水稻的新病害，遵循Kochs法则，参照Ainsworth分类系统，确定了水稻褐变穗的病原菌是链格孢(Alternariaalternata(Fr.)Keissl)，属半知菌亚门、丝孢纲、丝孢目、暗色孢科、链格孢属真菌。 病原菌菌丝生长适宜温度范围为22℃～28℃，产孢的适宜温度范围为22℃～30℃，并且在25℃时菌丝生长最快，产孢最多。菌丝生长和产孢的适宜pH值范围均为3.91～5.98，在pH4.90时菌丝生长最快，产孢最多。在全光照条件下，病原菌菌丝生长最快，在全黑暗条件下，病原菌产孢最多。在连续振荡培养条件下，菌丝干重最重，在静止培养条件下，病原菌产孢最多。病原菌致死温度为60℃，水浴10min。 在供试的6种培养基上，病原菌菌丝在大米煎汁培养基上生长最快，在马铃薯煎汁培养基上产孢最多。在供试的10种碳源中，以麦芽糖为碳源的培养基上菌丝生长最快，产孢最多，并且麦芽糖浓度为4％时菌丝生长最快，产孢最多。在供试的11种氮源中，在分别以NaNO3、KNO3和C4H12N2O6为氮源的3种培养基上生长最快，NaNO3为氮源的培养基产孢最多；不同浓度氮源对病原菌菌丝生长的影响不显著，蛋氨酸为氨源的培养基上，病原菌产孢最多的蛋氨酸浓度为0.35％，NaNO3为氮源的培养基上，病原菌产孢最多的NaNO3浓度为0.1％。 病原菌分生孢子适宜萌发的温度范围为25℃～32℃，在30℃时，分生孢子萌发率最高；适宜pH值范围为6.03～7.94，在pH6.90条件下，分生孢子萌发率最高；光照与黑暗处理对分生孢子萌发无显著影响；相对湿度低于93％，分生孢子不能萌发，在水滴中分生孢子萌发率最高。在供试的10种碳源中，以麦芽糖为碳源，分生孢子萌发率最高，并且适宜分生孢子萌发的麦芽糖浓度范围为1％～4％，麦芽糖浓度为3％时，分生孢子萌发率最高。 12种化学药剂和6种生物药剂经室内药剂筛选，得到对病原菌菌丝生长有较好抑制作用的3种化学药剂和1种生物药剂，即使百克、扑海因、爱苗和多抗霉素。室内毒力测定结果表明使百克的毒力最高，多坑霉素、使百克、扑海因和爱苗的毒力回归方程依次为y=1.69999x+1.32434、y=0.88724x+4.36217、y=0.74558x+4.4295、y=1.46557x+3.5398，经F测验，4种药剂的毒力回归方程均达显著水平。 田间药效测定结果表明，扑海因与多抗霉素混配对水稻褐变穗的防治效果最好，理论产量高于其它药剂处理和对照。