我国进入WTO以来，医药制造业已成为国内发展最快的产业之一，但是我国医药制造业的国际竞争力却并没有随着规模的扩大而有明显地提高，与国外医药制造业相比较，还存在不小的差距。如何提升R&D投入和效率，逐步把我国从从医药生产大国转变为依托科技进步的创新强国，转变我国医药制造业的增长模式，已成为亟待研究的重要课题。本文简述了我国医药制造业R&D投入的发展现状，分析了我国医药制造企业与国外成熟医药企业在R&D投入水平上的差距，阐述了R&D投入水平所可能带来的竞争优势，并由此论证了完善我国医药制造行业R&D投入的重要性。为从定量的角度更为详尽地了解我国医药制造行业R&D投入的实际情况，探索合理化促进医药制造业R&D投入的方式，本文以计量经济学建模的方法为研究手段，在借鉴国内外产业R&D投入研究理论及方法的基础上，结合医药制造业技术研发的特点，利用2000—2009年全国医药制造行业的R&D投入和医药制造业增长的有关数据，通过单位根检验和协整检验，建立面板数据模型；对R&D投入与医药制造业增长影响的关系进行实证分析。研究结果表明：R&D投入对医药制造业的发展具有明显的促进作用；对于所有子行业而言，R&D人员投入的弹性系数均大于R&D经费投入的弹性系数；在两种R&D投入要素的弹性系数中，生物制品制造业的弹性系数呈现出双高特征，中药材及中成药加工业呈现出双低特征，而化学药品制造业的弹性系数则是不高不低。最后，文章根据实证研究结论结合目前我国医药制造业R&D投入存在的问题，提出有针对性地改善措施；并对未来如何合理化配置我国医药制造业R&D投入资源提出了自己的见解。