转录组筛选调控脂肪储存基因

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饮食可以影响秀丽隐杆线虫的生活,如生长发育、新陈代谢、衰老以及寿命期限等。秀丽隐杆线虫以细菌作为食物,不同的细菌食物可以诱导线虫不同的响应。大肠杆菌菌株OP50是标准的食物。而另一大肠杆菌菌株HT115是通常用作RNA干扰敲除或敲低特定基因实验的对照食物。RNA干扰实验通常是依赖食物中的双链RNA将那些特定基因的敲除或敲低。线虫的幼虫阶段包括Ll,L2,L3,L4。成虫阶段包括年轻成虫(Young Adult,YA),成虫(Adult,A)和老虫(Old Adult, OA)。本论文通过薄层层析,气相色谱,尼罗红固定染色及转录组技术分别研究了喂养不同食物(大肠杆菌OP50和HT115)时不同龄期(L3, L4, YA, A)的线虫脂类代谢情况。尼罗红固定染色结果证明喂养两种不同食物时脂滴大小都是随着线虫不断生长而逐渐变大。以薄层层析及气相色谱技术分析脂肪含量及脂肪酸含量变化时,发现甘油三酯的含量随着生长发育有减少的趋势及脂滴大小随着生长发育有增大的趋势。而且C16:0、C18:0、C18:1n7、C20:4n3和C20:5n3等脂肪酸含量也发生明显变化。转录组数据显示,以喂养OP50的L4时期的线虫为对照时有154个基因随着生长发育发生变化或以喂养HT115的L3时期的线虫为对照时944个基因随着生长发育发生变化。通过比较同一生长时期喂养两种食物的线虫的转录组数据,发现L3和L4时期有很多基因发生了变化。而在YA时期只有一个基因的表达上调,在A时期只有22个基因表达水平下调。故推断秀丽隐杆线虫多数基因表达水平的变化可能发生在生长发育时期,而在YA和A时期基因表达水平的变化很可能导致衰老等。以喂养OP50的L4时期线虫为对照时,发现L3时期的线虫有2992个基因表达水平下调,2078个基因表达水平上调;YA时期的线虫有592个基因表达水平下调,582个基因表达水平上调;A时期的线虫有923个基因表达水平下调,976个基因表达水平上调。其中有154个基因随生长发育及脂滴发育而变化,具体有96个基因表达水平下调和58个基因表达水平上调。以喂养HT115的的L3时期的线虫为对照时,发现L4时期的线虫有2624个基因表达水平下调和3301个基因表达水平上调,YA时期的线虫有805个基因表达水平下调和1244个基因表达水平上调,A时期的线虫有5217个基因表达水平下调和4777个基因表达水平上调。其中有944个基因随秀丽隐杆线虫的生长发育及脂滴发育而变化,具体为427个基因表达水平下调和517个基因表达水平上调。我们使用RNA干扰技术观察表达水平具有差异的基因对线虫脂类代谢的影响。发现T12F5.1(sld-2)、F39H2.5、DY3.2(1mn-1)、R07E5.15、R01H2.3 (egg-2)、C30A5.7(unc-86)、D1046.4、ZK593.7(lsm-7)、K02H11.4、T05C12.10 (qua-1)和T11F9.9 (col-157)共11个基因被干扰后线虫脂滴增大,T08B2.12、F26H11.1(kbp-3)、F40F11.3和F44B9.1 (dpf-6)共4个基因被干扰后线虫脂滴减小。
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