科学技术是生产力，是一个国家富强的体现。在资金有限和经济常态化的背景下，如何深化改革，提高资金的使用效率是管理部门面临的紧迫问题。通过与国外高校科研经费投入的数据分析，我国的科研经费大幅投入，并没有带来比例的同比增长的产出，科研经费使用存在效率下滑的特征。出现这种现象的原因和问题在哪里，其根本原因是什么？怎样才能改进效率？　　本文从科研经费管理的角度出发。分析认为地方性高校科研经费管理体制存在目标定位有偏差，缺少高校多样性发展；财务核算分析体系落后，财务信息量少，间接成本分摊不科学；科研资金分配不合理，分配理念落后；科研经费过程管理薄弱，缺少动态最优化管理；经费使用效益评价体系缺失，评价方法不精确。产生这些问题背后的原因既有经济管理体制层面的原因，又有机制层面的原因，以及管理层意识形态的原因。管理的组织体系上，管理部门之间沟通不畅，行政干预过度，没有财务分析、评价的组织体系。机制层面上，缺乏有效的信息公开机制、问责机制、收入分配机制以及评价和考核机制。从管理意识来看，科研经费管理意识薄弱，忽视过程管理和目标管理，对科研经费使用的监督意识不强，对科研活动作为创新活动的特殊性不够重视。针对原因，地方性高校管理层需要在体制建设上，站得高、看得远，具有全局意识，平衡管理人员或部门的权利和职责；在意识形态上与时俱进，推进以知识价值为导向的分配改革；在财务管理上，规范和建立科研经费核算体系，改革现行不相适应的机制体制。在财务会计体系建立的基础上，充分利用财务数据，挖掘信息价值，同时建立起科研经费效益评价体系。