随着国家对于科技创新认可度的提高,一个基层的科学事业单位随时有可能得到数以亿计的科研经费拨款。在国家对科技创新不遗余力支持的同时,科研经费的不合理使用又成为一个较为严重与普遍的问题。虽然我们可以通过专项审计和年度审计消减一定的财务风险,但其所产生的效用也是较为局限的。我们常把内部审计比喻为防火墙、企业内部的免疫机制,恰恰是想说明它在一个组织中的重要性。科学事业单位内部审计在职能、作用等方面有着与政府审计和民间审计较为显著的不同与明显的优势。但就目前而言,科学事业单位内部审计由于内因与外因的综合影响,难以发挥出其应有的作用。本文中通过对部分科学事业单位内部审计现状的描述,查找科学事业单位内部审计存在的问题,通过剖析问题进而深掘造成问题的原因。同时,根据现有的问题提供相应的解决对策。风险导向审计在现代审计中被广泛运用,科学事业单位内部审计也应摒弃原有的查错纠弊式传统审计方法,引入风险导向的理念,通过梳理围绕科研经费始末的风险点,加强对重点风险的防控,从而提高科研经费的管理水平。