稻田综合种养模式因其良好的经济价值和生态价值能够满足人们对绿色食品的要求,因此成为可持续发展的农业模式之一。稻田综合种养中施肥是其中非常重要的环节,合理的施肥模式能提高肥料使用效率、改善稻田生态系统环境,实现水稻和水产动物的高质量产出。虽然已经有很多学者对稻田生态系统中的土壤微生物进行了研究,但对于生态系统中环境微生物和水产动物肠道微生物完整的综合研究还未见报道。本研究在稻-克氏原螯虾综合种养共作阶段,对不同施肥模式下的水体、土壤理化性质、水体微生物、土壤微生物、克氏原螯虾肠道微生物进行了研究,探讨不同施肥处理对种养环境和克氏原螯虾的影响,探索更为适合稻虾种养的施肥模式。主要研究结果如下:1、稻田水体细菌高通量测序结果显示在三种不同施肥模式下的稻田中主要细菌门类均为Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes和Cyanobacteria。主要优势属为Sporichthyaceae hgcI_clade、Limnohabitans、Polynucleobacter、Alpinimonas。在三种模式中,施用有机肥的田块细菌丰度显著高于施用化肥和有机肥加腐熟鸡粪的田块,细菌物种多样性显著高于施用有机肥加腐熟鸡粪田块。结果表明,施用有机肥田块水体细菌生物多样性更高,生态系统更加稳定。有机肥与腐熟鸡粪配施虽然会降低水体细菌的物种多样性,但是腐熟鸡粪与有机肥配施会大大降低蓝藻细菌的丰度。通过对共作阶段6-9月份水体细菌的研究可以发现,不同月份的水体细菌群落主要菌属种类没有改变,但是三个处理组6-9月共有OTU分别占总OTU的21.10%、24.37%、26.93%。水体细菌的群落结构发生了很大的改变。化肥组各个月份中6月份水体氨氮、亚硝态氮含量最低。6月份pH最大、硝态氮含量较高,聚球藻属与pH、硝态氮显著正相关。此时聚球藻属相对丰度最高。有机肥组各个月份7月份水体氨氮和亚硝态氮含量最高,浮丝藻属与氨氮和亚硝态氮呈显著正相关,此时浮丝藻属相对丰度最高。2、稻田土壤细菌高通量测序结果显示在三种不同施肥模式下稻田中主要的细菌门类是主要菌门为Chloroflexi、Proteobacteria和Acidobacteria。主要纲为Anaerolineae、Deltaproteobacteria、Acidobacteria和Nitrospira。在三种不同施肥模式中,有机肥组细菌丰度和物种多样性均大于化肥组。有机肥能够更好地提升土壤细菌的生物多样性。酸杆菌门在化肥组中相对丰度较低可能是由于化肥的施用导致土壤的酸化。共作阶段6-9月土壤细菌分析可知,化肥组6-9月绿弯菌门相对丰度分别为34.3%、28.33%、27.44%、24.02%。7月份绿弯菌门相对丰度减少可能是由于水体质量变差影响了其光合作用。3、克氏原螯虾肠道菌群高通量结果显示不同处理组中克氏原螯虾肠道微生物共有的菌群占据了58.1%,表明克氏原螯虾具有相对稳定的核心菌群。克氏原螯虾肠道微生物主要菌门为Proteobacteria、Tenericutes和Firmicutes。主要菌属是Citrobacter、Mollicutes和Pseudomonas。克氏原螯虾肠道中主要菌属在池塘养殖的凡纳滨对虾和中华绒螯蟹肠道内也占主导地位。在化肥组克氏原螯虾肠道中柠檬酸杆菌相对丰度最高,由于其是一种条件致病菌,化肥组克氏原螯虾爆发疾病的可能性更大。三个处理组中有机肥加鸡粪组中不动杆菌属相对丰度显著较高可能是由于其生存的土壤环境中有着丰度较高的不动杆菌属细菌。