经过多年的发展，我国各类高新技术产业开发区（以下简称“高新区”）作为“转方式、调结构”的先行区，如今已经成为带动各地经济结构调整和经济发展方式转变的强大引擎。作为促进创新型产业聚集发展的主要载体，高新区工程项目投资的有效决策、建设过程中的严格控制以及投入运营后的规范管理，对于改善和提升区域服务环境、加速区域产业结构升级、加快科技成果向现实生产力的转化起到了非常重要的作用。为了避免高新区工程项目建设中的投资决策失误、资金链断裂、项目成本失控等问题，必须以项目成本、资金为核心控制目标，建立符合高新区持续、滚动发展需求的工程项目内部控制体系。本文以民营主导的国家级高新区工程项目为例，深入分析民营高新区工程项目存在的各种问题；同时，借鉴国内外先进的内部控制理论，将内部控制的思想以及风险管理的理念全面运用到民营高新区工程项目建设的全过程中，规范流程，提高效率，提出具有实践指导意义的工程项目成本控制、资金控制方案，确保工程项目的顺利实施，以助推高新区发展硬环境的持续优化。