养殖场畜禽粪便中耐黏菌素大肠埃希菌的特性分析

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在动物生产中,黏菌素被长期作为生长促进剂添加在动物饲料中,这种做法在增加经济效益的同时也给公共卫生安全方面带来重大隐患,随着抗菌药物的广泛使用导致了多重耐药细菌的出现。随后,由于质粒介导的耐黏菌素mcr-1基因的发现及其广泛传播,2017年4月30日起,黏菌素被我国禁止作为促生长剂添加到饲料中。本研究旨在监测这一政策执行前后的畜禽源大肠埃希菌耐药性变化以及分析mcr基因的流行情况。本研究分别在2017年与2020年,在吉林省长春市地区的3个畜禽养殖场采集的373份粪便样品进行了研究,使用含有黏菌素抗性(2μg/m L)的ECC显色培养基和麦康凯培养基进行选择性培养,应用大肠埃希菌16s r DNA特异性引物PCR鉴定大肠埃希菌,共获得了929株具有黏菌素抗性的大肠埃希菌,随后经过ERIC指纹图谱排除克隆株,共获得了546株耐黏菌素大肠埃希菌,其中2017年107份样品中分离获得141株,2020年266份样品中分离获得405株。通过PCR检测耐药基因mcr1-9,共鉴定出34株mcr-1阳性菌株,2017年3个养殖场mcr-1阳性菌株检出率分别为39.02%、5.00%和5.00%,2020年3个养殖场mcr-1阳性菌株检出率分别为4.85%、0.00%和3.68%,同一养殖场2020年与2017年相比mcr-1阳性菌株检出率降低,说明禁止黏菌素在养殖场作为饲料添加剂使用的政策施行在长春地区的这3个养殖场是有效的,对降低mcr-1的流行产生了很大的影响。采用微量肉汤稀释法测定菌株对黏菌素的敏感性,结果显示分离菌株对黏菌素的耐药水平在0.25~8μg/m L之间,说明该地区黏菌素耐药情况尚处于中度水平。以MIC≥2μg/m L作为菌株耐药的判定断点,则2020年耐黏菌素菌株的分离率(18.02%,73/405)低于2017年耐黏菌素菌株的分离率(26.24%,37/141),结果显示黏菌素耐药菌株的分离率下降,表明黏菌素禁用政策实施的有效性。使用BD Phoenix TM-100 System检测本研究中分离所得到的546株大肠埃希菌对16种抗生素的敏感程度以及是否为ESBLs菌株,结果显示菌株对四环素的耐药最为严重,对氨苄西林、哌拉西林、氯霉素和环丙沙星耐药率较高,对阿米卡星、亚胺培南、美罗培南和头孢他啶的耐药程度较轻;2020年菌株耐药性和2017年菌株耐药性相比,除了头孢吡肟和氯霉素有所升高之外,其他抗生素耐药性均有所下降;但多重耐药现象严重,多重耐药菌株占比达60%以上,以三重耐药占比最多;检测出108株ESBLs菌株,其中有5株是mcr-1基因阳性菌株。采用PBRT法对34株mcr-1基因阳性菌株进行质粒复制子分型,共鉴定出12种质粒复制子的类型,以Inc FII为主,每株菌均携带两种及两种以上的质粒。2017年21株mcr-1阳性大肠埃希菌共检出11种质粒,以Inc FII(80.95%,17/21)为主;2020年13株mcr-1基因阳性耐黏菌素大肠埃希菌共检出7种质粒,以Inc FII和Inc FIB(92.31%,12/13)为主。2020年与2017年相比,质粒复制子类型减少。通过接合转移试验,获得22株接合转移成功的接合子,接合率为64.71%。接合子以Inc X4和Inc I2质粒的转移效率最高,其次为Inc FIB和Inc FII质粒。接合子也表现出了供体菌的部分耐药表型,其中对哌拉西林、四环素、头孢唑林、氯霉素、氨苄西林、庆大霉素、头孢噻肟与莫西沙星耐药性的接合转移率较高;并且有两株接合子为ESBLs菌株,证明了在携带mcr-1基因的质粒上也携带了β-内酰胺类抗菌药物的耐药基因,并且耐药基因随着接合性质粒发生了共转移。对34株mcr-1基因阳性菌株进行全基因组测序,对测序结果分析可判断,这些菌株分属于15种ST型,其中以ST29最为流行,其次是ST20和ST88。在鸡场与猪场2中每年所分离的mcr-1基因阳性菌株MLST序列分型基本相同;但在猪场1中2017年mcr-1基因阳性菌株MLST序列分型结果复杂多样,是黏菌素在被禁用三年后该养殖场仍然存在较高水平的mcr-1基因阳性菌株检出率的重要原因之一。分析全基因组测序结果得出,有34株mcr-1基因阳性菌株不同程度地携带着其他的耐药基因,所有菌株均携带四种及四种以上耐药基因,全部为多药耐药菌株;其中Oqx A、Oqx B、sul和tet A基因检出率较高,其次是drf A和cml A基因。在2株从鸡粪便中分离出的mcr-1基因阳性菌株中检测到了blaCMY-2基因。blaCMY-2基因属于β-内酰胺类抗生素耐药基因,mcr-1的出现与β-内酰胺类抗生素的使用具有相关性;同时在10株mcr-1基因阳性菌株中检测到mdf A基因,是导致菌株多重耐药的重要原因之一。综上所述,本研究通过对禁用黏菌素作为饲料添加剂政策执行前后的吉林长春3个畜禽养殖场分离的大肠埃希菌进行分析,了解了吉林长春3个畜禽养殖场中大肠埃希菌的耐药特性。并且从2017年到2020年,黏菌素耐药率和mcr-1基因阳性检出率有所下降,但是携带mcr-1基因的耐黏菌素大肠埃希菌的多重耐药情况严重,质粒复制子和MLST序列分型的复杂多样以及部分耐药基因的共转移特性可能是导致mcr-1基因在畜禽养殖环境中存在较久的原因。本研究为评估禁止黏菌素作为饲料添加剂对耐药性的影响提供了基础数据,也为畜禽养殖场合理地使用药物提供科学依据。
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