笛卡尔通过普遍怀疑的方法，逐个对感觉、理性和信仰等进行了清理。在完成了这些清理之后，他找到了一个不可怀疑的“阿基米德点”，即自我存在。并在此基础上先后确立起了上帝存在和物体存在。笛卡尔的自我观念是古老灵魂观念纯粹化的产物，自我即纯粹灵魂，笛卡尔也将之称为心灵。自我的全部本性是思维，思维就是自然之光，没有意识内容的意识本身。心灵的功能包括：意志功能、理智功能、想象功能和感觉功能等。笛卡尔虽然强调了理智功能的认识论意义，但他也认为，当意志把理智用在它不能理解的东西上的时候，就会出现错误。如果说笛卡尔自我的发现是不断怀疑和反思的结果，那么自我的最终确立靠的却是直观，而不是反思。笛卡尔不但肯定了理智直观，同时也承认了感觉直观的存在。在认识论上，笛卡尔对思维和广延进行了区分。在实践上，笛卡尔认为存在着一个作为灵魂和肉体的统一体的身体。自我是人的认识基础，身体是人的现实基础。身体的存在和自我的存在一样，都是直观到的。由于笛卡尔的目的是为科学奠基，所以他的形而上学显示了一种可知论的立场。不过他这种可知论的基础是信仰，也就是说，笛卡尔的可知论是一种上帝光照下的可知。理性主义也未必导致无神论，笛卡尔的形而上学就证明了这一点。