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H9N2亚型禽流感病毒自1994年首次在中国分离以来，逐渐成为中国大陆流行的禽流感病毒亚型之一，不仅严重危害养禽业，还可以突破宿主屏障，进行跨宿主传播，感染哺乳动物及人。因此，对中国大陆特别是华南地区H9N2亚型禽流感进行分子流行病学研究及致病性研究具有重要意义。 本研究对1997-2010年间分离的43株H9N2亚型AIV HA基因进行遗传演化分析，结果表明HA基因都位于CK/BJ-like分支；2007年以后的分离毒株HA基因与2007年以前毒株在分子水平上具有差异性；在G181E、V253I、S283R、N285S、V287T和P315S等可能引起抗原性变化的位点发生突变，与疫苗毒株具有一定遗传距离。但挑选的15株不同年代不同亚分支H9N2亚型AIV毒株之间的交叉反应结果表明，毒株相互之间能够产生很好保护。 43株H9N2亚型禽流感病毒全基因组进行遗传演化分析，结果表明，各基因片段全都属于欧亚群系，其中NA基因属于CK/BJ-like与G9-like两个分支；PB2与PB1基因属于SH98-like、CK/BJ-like、没有代表毒株(Unknown avian)与G1-like四个分支，其中G1-like分支毒株与H5N1、H4N2、H6N1、H6N2、H1N2等亚型AIV相似性高；PA基因属于CK/BJ-like、SH98-like和Y439-like三个分支，其中Y439-like分支毒株与H5N1、H1N1、H3N8、H4N2、H6N1、H6N2、H1N2、H3N6、H5N3、H7N1、H11N9等亚型AIV在遗传上具有一定联系；NP基因属于CK/BJ-like与SH98-like两个分支；M基因属于CK/BJ-like、G1-like和H5N1三个分支：NS基因属于CK/BJ-like分支。本研究毒株的内部基因(PB2、PB1、PA和NP)及NA、M等基因片段，在2003年以前表现为低重排或低重组化，在2003年以后(包括2003年)出现同亚型不同分支内或不同亚型间的多样化重排或重组，而流行于珍禽上两株毒株传到家禽上呈现高度多样化重组。 对各基因片段核苷酸序列、氨基酸序列及分子特性变异情况分析发现：①HA基因的裂解位点为ARSSR↓ GLF或SRSSR↓ GLF，符合低致病性禽流感病毒的分子特征；部分毒株的HA基因糖基化位点都有不同程度的丢失，也有部分毒株获得了新的糖基化位点；2002年以后分离毒株226受体结合位点主要为哺乳类受体结合位点L；②属于CK/BJ-like分支的18株病毒均在62位～64位缺失了T-E-I3个氨基酸，而G9-like分支的分离毒株没有发生任何位点的缺失。43株毒株的NA基因糖基化位点在69、86、146、200、234及402氨基酸位点处比较保守，44、61、264位点变异较大，分离毒株一般存在5-8个潜在糖基化位点；NA的受体结合位点有不同程度的丢失和/或获得，部分唾液酸结合位点(HB)也发生了突变；③有10株毒株在s31N发生突变，5株毒株在132V发生突变，这一突变符合流感病毒对金刚烷胺耐药的分子特征；④其他内部基因未发现可以增强病毒毒力、复制力或者扩大宿主范围的分子特征。 7株H9N2亚型禽流感病毒对小鼠致病力的研究结果表明，实验毒株都能够在BALB/c小鼠的肺内增殖，但增殖能力有差异；实验毒株对小鼠均无致病力，小鼠体重在感染后2d左右略微下降，感染3d以后与对照组小鼠相比较已无差异；实验毒株不能在小鼠上水平传播。