放牧和刈割是内蒙古草原的主要利用方式。它们可能通过改变植物群落组成和生物量、粪便和尿沉积、根际渗出物、土壤质地和理化性质自上而下影响土壤微生物群落。土壤微生物是土壤的重要组成部分及活性成分，在草地生态系统的结构与功能维持中起着重要作用。但是长期的放牧与刈割对土壤微生物群落的影响仍存在争议，而且温带草原生态系统缺乏野外放牧控制实验。本研究基于典型草原长期放牧控制实验，通过高通量测序技术对微生物的16S rRNA基因及ITS1区进行测序，分析7种放牧强度(0、1.5、3.0、4.5、6.0、7.5、9.0只羊/公顷)及一年一次刈割下的土壤细菌和真菌群落的组成和多样性的变化。该实验位于内蒙古锡林河流域的典型草原，2005年由中国科学院内蒙古草原生态系统研究站设置并实施与维护至今。　　放牧没有影响细菌的多样性，但使真菌的多样性降低。放牧使变形菌门和拟杆菌门显著降低，但是放牧使红杆菌纲升高。放牧降低了真菌纲水平的IS--s-Mortierella sp FSU10537，而且放牧使被孢霉目、被孢霉科和被孢霉属降低。放牧对土壤细菌群落结构的影响取决于放牧强度，相对于轻度和中度放牧，重度放牧对土壤细菌群落结构的影响较大，而在真菌群落中没有发现这种影响。冗余分析的结果指出，土壤细菌和真菌群落结构主要受pH、有机碳和全氮影响。　　刈割以不同的方式改变了土壤细菌和真菌的群落。与放牧类似，刈割没有影响土壤细菌群落多样性;但在细菌群落组成上，刈割显著降低了拟杆菌门和WPS-2。对于真菌群落，刈割增加了其多样性，但减少了其丰度。刈割通过显著升高球囊菌门，显著降低担子菌门，改变了真菌群落组成。冗余分析表明，刈割处理下土壤细菌和真菌群落结构主要受土壤有机碳、全氮和微生物量氮的影响。