惠州市位于珠三角东北部,交通网络发达,自然气候条件优越,极适合马铃薯的种植。但目前惠州市马铃薯种薯市场混乱,优质栽培技术普及率低以及产品加工水平严重不足等因素严重制约了惠州市马铃薯产业的发展。全面推广惠州市马铃薯农民专业合作社的发展,通过“合作社+农户”的模式,将生产资料、生产者、生产技术等要素有机结合起来综合利用,有利于推动马铃薯从传统的小农耕作模式向马铃薯产业现代化、标准化发展转变。但是当前惠州市马铃薯农民专业合作社的还在发展阶段,马铃薯产区的合作社管理运行仍远远跟不上生产运营的需求,其功能无法得到有效的体现。这几年来,惠州市一直致力于农民专业合作社的研究推广,马铃薯农民专业合作社覆盖面积也迅速加大,但涉及到合作社内部的机构组织、配套硬件、软件以及在资产运营、利润分配等方面,仍存在不同问题,阻碍了马铃薯农业合作社的发展。本文通过研究国内外农民专业合作社的发展,结合惠州市当地政府的政策和农业生产环境,搜集各地的数据和资料,对惠州市马铃薯农民专业合作社运行机制发展状况及存在的问题进行分析,并实地考查几个马铃薯主产区的农民专业合作社,总结其运行的先进经验,最后提出完善惠州市马铃薯农民专业合作社运行机制的相关管理对策和外部保障措施,一是加强宣传教育,提高技能水平;二是构建利益共享、风险共担的制度;三是加大财政扶持力度,拓宽资金投入来源;四是加强内部载体功能,促进合作社优势发展;五是加强政策引导服务,促进合作社水平提升。从而促进惠州市马铃薯产业及农民专业合作社健康、高效发展,对其他农业产业也起到一定的借鉴作用,有利于惠州市“一村一品”特色农业格局的早日建成。