关东军自1919年独立后，在处理与奉系军阀首领张作霖的行动上往往以自我意志为中心，逐渐呈现出独断专行的特征。第一次东方会议上，日本所制定的“满蒙政策”是以扶持张作霖稳定东北的局势，并对张的扶持限定在一定范围之内。然而，关东军却将这种“稳健”的政策变成了“激进”。在对直奉战争的态度上，关东军的意见就不同于日本政府；进而在郭松龄反奉战争中，关东军更是违背政府和军部保持克制的立场，独断专行地用武力帮助张作霖打败了郭松龄。张作霖对日本在东北的利益掠夺持抵制的政策，这表现在拒签与关东军达成的密约，自建铁路，反对日本设立临江领事馆等方面。张作霖的抵制措施使日本在东北的侵略止步不前，既获利益亦受到打压。关东军希望通过帮助张作霖来达到日本攫取东北更多权益的目的并没有达到，遂对张产生了反感。第二次东方会议上，日本确定了进一步扩大侵略中国东北的政策，希望将日本在东北的利益扩大化，向张作霖索取更多的利益。对于张作霖，关东军则认为应使用更强硬的手段，提出逼张“退步”甚至“废张”的意见。第二次北伐战争期间，关东军建议借此机会出兵解除张作霖的武装，然而其建议并没有得到政府和军部的同意。关东军对此极度不满，认为它们的决策过于保守，不甘心就此结束的关东军独断专行地制造了震惊中外的皇姑屯事件，炸死了张作霖。