无序蛋白质中的无序区域因缺少与其它蛋白质、配体或者细胞内环境的相互作用,无法折叠到稳定的三维结构。无序蛋白质参与了很多生理过程,发挥重要的生物作用。然而,由于无序区域结构的高度柔性以及无序蛋白质自由能构成中较高的构象熵,传统蛋白质结构预测方法对这类蛋白质的预测准确程度并不理想。因此改进传统蛋白质结构预测方法,对无序区域结构建模,使预测结果更接近无序蛋白质的天然结构,对研究无序蛋白质的结构和功能具有重要意义。本文设计并实现了一种并行和声无序蛋白质骨架结构预测算法。算法采用共享和声记忆库的并行机制,增加了和声算法的全局搜索能力也加快了预测效率。每个和声搜索线程都将无序区域和有序区域结构的搜索区分开,交替的改变无序区域和有序区域的结构,使不同区域的结构相互影响和制约,最终达到一种均衡状态。无序区域结构虽然不稳定,但无序区域结构在二维平面上的投影结构变动较小。本文从二维特征的角度对无序区域的结构建模,采用无序区域两端残基距离和无序区域内两残基的最大距离描述无序区域结构。利用并行蚁群算法预测这两个距离特征的特征值,然后将其作为距离约束应用到预测过程中。