基于生物信息学分析探索坏死性小肠结肠炎的核心基因和microRNAs及中国95家危重新生儿救治中心调查

来源 :南方医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:Mos_Lei
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第一部分 基于生物信息学分析探索坏死性小肠结肠炎的核心基因和 microRNAs目的基于GEO数据库通过生物信息学分析,筛选出差异表达的基因和microRNAs,构建蛋白质互作网络,预测NEC进展过程中的核心基因与分子机制,探索NEC潜在的治疗靶点,为开展后续基础实验与临床研究打下基础。方法从GEO2R在线分析网站获取NEC肠道样本及非炎性疾病患儿肠道组织mRNA和microRNA 数据,以获取差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)和microRNA(Differentially expressed microRNAs,DMGs)。对于筛选所得的DEGs,使用DAⅥD数据库在线进行GO和KEGG富集分析,使用STRING数据库下载数据后构建蛋白质相互作用网络(PPI),并利用Cytoscape中cytoHubba插件分析获得PPI网络中的核心基因。对于筛选所得的差异表达的miRNA,利用Mirbase、Starbase、Targetscan三个数据库进行靶基因预测,将三个数据库中预测的靶基因取交集筛选出共同的靶基因,并与参与细胞因子作用的差异表达基因综合分析取交集,获得参与细胞因子相互作用的差异表达miRNA。结果1、共获得600个DEGs,其中上调的有130个,下调的有470个。DAVID数据库GO富集功能显示,DEGs参与炎症反应、类固醇代谢、中性粒细胞趋化、胆固醇稳态等生物学功能,参与花生四烯酸环氧酶活性、单加氧酶活性等生物学途径,而细胞组分主要有顶端质膜、细胞外微环境、刷状缘、质膜等。KEGG信号通路富集分析显示,差异基因主要参与药物代谢-细胞色素P450途径、脂肪消化吸收等。2、构建PPI后,获得10个关键基因,包括IL6、CXCLB、ITGAM、ILIB、TLR2、CDH1、MMP9、PTGS2、CXCL1、APOB。3、共获得差异表达的miRNA 13个,其中上调的有3个,下调的有10个。利用三个数据库靶基因预测网站,发现了 15个靶基因和11个参与细胞因子调节的miRNA。结论:本研究基于GEO数据库芯片数据,分析了坏死性小肠结肠炎基因和miRNA的表达谱,并构建差异表达基因的蛋白互作网络,发现了坏死性小肠结肠炎的核心基因,miRNA及其可能的靶基因,为以后基础研究提供方向。第二部分 中国95家危重新生儿救治中心调查目的为了加强危重新生儿救治中心建设与管理,切实降低新生儿死亡率,原国家卫生计生委制定了《危重新生儿救治中心建设与管理指南》(以下简称《指南》),作为指导全国各地建设危重新生儿救治中心的指导性文件。为评估《指南》颁布以来,国内省市县危重新生儿救治中心资源的配制和网络建设现状,本次调研旨在对典型地区省、市、县三级危重新生儿救治中心和救治体系建设和运转情况进行评估,总结经验和梳理存在的主要问题,为进一步推动危重新生儿救治网络建设提出科学、高效的建议。方法1、通过调查问卷的方式,将链接转至各相关医疗机构,填写完成后,项目组收集数据并整理。2、与国家卫健委颁布的《危重新生儿救治中心建设与管理指南》相关标准进行比较,评估各级新生儿救治中心在设施、设备、人员配置和开展的技术服务项目的达标情况等。3、统计方法:统计数据采用IBM SPSS20.0统计软件进行分析,统计描述结合统计分析。计数资料采用频数和率进行描述,组间比较采用卡方检验或Fisher精确检验,以P<0.05判定差异具有统计学意义。结果1、从新生儿中心建设形式、床位设置来看,省级中心仍有9家医院为病区形式,达标率仅为47.1%,市级和县级中心各有1家中心未能达标,达标率均为97.1%。从床位设置看,省级中心中有8家医院未达标,达标率仅为61.9%,市级中心有10家医院未达标和县级中心有3家医院未达标。2、从设备配置来看,省级救治中心病房设备配置相对较齐全,所评估的设备中省级中心达标率较高,市级中心次之,县级中心相对较差,特别是呼吸机、监护仪和血气分析仪等设备。省级中心均100%达标,仅有暖箱数、床旁超声诊断仪和NO治疗仪有个别中心未达标。3、从人员配备来看,如医生床位比,医生床位比至少需≥0.2,但省级救治中心,医生床位比达标率仅为61.9%,即近三分之一的省级中心未达标。而市级/县级中心医生床位比达标率分别未为88.57%、88.23%。4、从技术开展项目来看,从调查结果看,大部分省级中心和市级中心已经达到较高技术水平,仍有部分省级中心未开展亚低温、腹膜透析和CRRT,市县级中心中未完全开展所应开展项目的中心更多。结论该调查为2017年《危重新生儿救治中心建设与管理指南》颁布以来的首次新生儿救治网络建设的调查与评估。调查结果显示我国危重新生儿中心建设虽已具备相当规模,但仍与《指南》差距较大且发展水平参差不齐,应实施质量改进计划,继续加快完善区域性的新生儿协作网络体系建设。
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