不同宿主来源的ORFV免疫相关基因的比较分析

来源 :内蒙古农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:baichuan817
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试验旨在探究ORFV在强弱毒株与骆驼之间其免疫相关基因所表现出的差异变化。通过对采集到的青岛某发病羊场病料(强毒),在山羊成纤维细胞上连续传90代毒株以及从阿拉善某发病双峰驼采集到的病料分别进行病毒基因组提取,并对提取到的基因组分别命名为ORFV/QD/Y、ORFV/RD/Y、ORFV/QD/LT。根据GenBank上发表的羊口疮全基因组序列设计并合成3对特异性引物,分别扩增 ORFV/QD/Y、ORFV/RD/Y和 ORFV/QD/LT 的 B2L 基因、F1L 基因和 VIR基因片段,并将扩增得到的基因组片段分别克隆到PMD-19T载体上,转化到DH5α感受态细胞中,对重组质粒进行鉴定后送至测序公司进行测序,用DNA Star软件对测序结果进行拼接及三组基因组之间核苷酸同源性比较分析,再将测序结果与NCBI上已公布的13组ORFV全基因组相应基因核苷酸序列进行同源性比对分析、构建系统进化树及氨基酸序列比对分析。结果表明,三组基因组之间B2L基因、F1L基因和VIR基因核苷酸同源性分别为84.2%~96.6%、88.0%~98.3%和77.4%~95.7%,三组基因组与参考序列的B2L基因、F1L基因和VIR基因核苷酸同源性分别为92.8%~99.2%、95.7%~100%和77.0%~100%。对B2L基因、F1L基因和VIR基因进行系统进化树分析后,发现ORFV/QD/Y与中国福建山羊株亲缘关系较近,ORFV/RD/Y与德国绵羊株亲缘关系较近,而OR FV/QD/LT均单独成为一个分支,与其他株关系均较远。将三组基因组与参考序列进行氨基酸序列比较分析,结果显示ORFV/QD/Y的B2L和VIR氨基酸与ORFV/RD/Y差异较小,但F1L氨基酸差异较大,可能与病毒传代次数有关。为了探究F1L与不同物种之间的关系,进一步对NCBI上公布的全部41组F1L基因进行分析后发现,F1L基因在不同物种之间表现出明显的差异,可能是由于ORFV感染不同物种所导致的,而ORFV/QD/LT的B2L和VIR基因的氨基酸序列也表现出较大差异,进一步论证了 ORFV感染不同物种具有的差异性。这些基因所表现出的差异为未来研究ORFV强弱毒株之间与ORFV感染不同物种的研究奠定了理论基础。
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