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朱砂叶螨(Tetranychus cinnabarinus)是重要的世界性害螨,因其个体小、繁殖速度快、移动范围小、接触药剂机会多和近亲繁殖率高等特点而极易产生抗药性。miRNAs (microRNAs)是一种人小为21nt左右,由真核生物基因组编码的内源性,具有调控功能的非编码RNA,它通过5’端种子序列2-8位核苷酸与靶基因mRNA3’端UTR区互补配对识别,降解靶基因mRNA或抑制mRNA的翻泽,从而调控基因的表达。为了解miRNAs的调控作用是否与朱砂叶螨抗药性的产生有关,我们利用Illumina HiSeq2000测序平台第一次对朱砂叶螨small RNA进行测序,鉴定朱砂叶螨miRNA并研究其在甲氰菊酯抗性品系和敏感品系中的表达。主要研究结果如下1.通过small RNA测序,在朱砂叶螨甲氰菊酯抗性品系FeR中获得24796487条reads,在敏感品系SS中获得22001867条reads.通过筛选,发现sRNA(18-30nt)的在FeR中为21232699条,其中的7014169条(33.56%)能匹配上二斑叶螨(Tetranychus urticae)基因组；在SS中为19657179条,其中的6578128条(33.21%)能匹配上一二斑叶螨(Tetranychus urticae)基因组,长度主要集中在20nt(15.23%)、21nt(22.60%)、22nt(19.10%)、23nt(10.20%)2.将sRNA与1miRBase20中二斑叶螨miRNA序列进行比对,共鉴定了75个已知的miRNA成熟体和45个前体；预测了93个新的miRNA成熟体和64个前体。一共预测了26202个靶基因,发现了55个可能与昆虫抗性相关的靶基因,这些抗性相关的靶基因可能受到了39个已知的：miRNA和33个新的miRNA的调控。通过miRNA碱基编辑分析,发现SS中发生碱基编辑的位点数仅为210977个,而FeR中为390968个。3.将抗性品系和敏感品系miRNA表达量进行对比,共发现12条表达显著差异的miRNA,其中表达上调的4个,表达下调的8个。对测序预测的12条差异表达的miRNA进行qPCR验证,其中10条miRNA的表达趋势一致,一致率83%。