制度是约束人们行为的规则，其实质是对人们利益的界定和分配。制度创新就是旧制度被新制度所替代，即人们利益关系的调整或重新界定。地方政府制度创新就是地方政府为协调本辖区人们之间的利益关系而创制新制度或对原有制度进行修正的活动和过程。地方政府制度创新按地方政府在其中的地位和作用可分为中央政府授权的制度创新、地方政府自主的制度创新以及地方政府与微观主体合作进行的制度创新；按内容可分为经济管理制度创新、行政管理制度创新和政治管理制度创新等。地方政府制度创新具有区域性、试验性和微观性的特点。 由制度缺陷、制度失衡和制度冲突引起的制度失灵是地方政府进行制度创新的起点；利益驱动是具有相对独立利益的地方政府进行制度创新的动力；成本——收益分析是地方政府进行制度创新的原则；由宪法秩序、意识形态等构成的制度环境的改善则为我国地方政府的制度创新提供了良好的外部条件。地方政府的制度创新有利于降低制度创新的成本和风险，有利于提高中央政府制度安排的绩效，有利于减少制度创新的时滞和增加制度的有效供给。 然而，由于中央与地方关系、中央政策、地方政府官员管理等方面的因素，地方政府在制度创新时也容易带来一些问题：强调地方局部利益，导致地方保护主义；强调短期利益，不利于可持续发展；影响中央政策的有效实施，阻碍改革进程；影响改革的整体推进，导致地区差距扩大等。 优化地方政府制度创新就要改善地方政府进行制度创新的制度环境、增强地方政府制度创新的动力、规范地方政府制度创新的行为和提高地方政府制度创新的绩效。主要措施有：推进中央与地方权力关系的制度化，进一步明确地方政府的制度创新主体地位；增强中央政策的科学性，为地方政府制度创新提供良好的政策环境；完善分税制，进一步增强地方政府制度创新的动力；完善地方政府领导管理体制，引导和规范地方政府的制度创新行为；加快政府职能转变，进一步调整地方政府在制度创新中的角色；改进决策体制，提高地方政府制度创新的绩效。