在当前政治经济改革进入深水区的大背景下，市场在经济运行中的作用进一步强化，这也意味着政府进一步退出微观经济的治理，社会自治组织将在今后的社会治理中发挥重要作用，而行业协会作为行业内企业自治的产物在行业治理、维护行业内企业共同利益的过程中将发挥重要作用。作为行业协会自治权重要组成部分的非法律惩罚权是克服“集体行动困境”，强化行业协会治理的重要保障。当前在学界，更多的学者在研究行业协会惩罚权时更关注非法律惩罚权与法律惩罚权的区别以及在社会治理中，法律惩罚权与非法律惩罚权之间的关系，针对行业协会惩罚权运行程序的研究还比较少。行业协会惩罚权运行程序问题是一个亟待加强研究的课题。本文运用法经济学以及比较分析等方法研究行业协会惩罚权运行程序的完善。全文除了引言和结语外，主要分为五个部分，具体安排如下：第一部分为行业协会惩罚权的概述。这一部分主要分析行业协会惩罚权的基础理论，包括行业协会惩罚权的性质、种类、意义，通过对行业协会内部关系的分析，我们发现，行业协会其实是由一系列契约组成的团体，其实是一个契约束，而行业协会的惩戒机制其实是行业协会契约的违约责任的追究机制；行业协会惩罚权的种类包括名誉惩罚、财产惩罚、集体抵制、开除会籍，各种惩罚手段集中在行业协会的章程中；行业协会惩罚权的意义在于克服集体行动的困境，保障行业协会自治权的实现。第二部分为完善行业协会运行程序的意义。首先在法理上来说，正当的程序是看得见的正义，更容易让人信服，某种意义上讲，法就是程序；另一方面，从法经济学的角度来说，正当的程序有利于节省司法的成本；最重要的是，正当的程序是人权的保障，这已是公认的事实。正当的行业协会惩罚权运行程序可以提高行业协会惩罚权的公信力，提高惩罚权效率，保障会员基本权利；对于社会来说，正当的惩罚权运行程序有助于发挥行业协会社会治理的功效，防止行业协会变相组织垄断协议。第三部分阐述行业协会惩罚权运行程序的基本要求。本部分采取规范分析法，论述行业协会惩罚权运行程序的应然模式，理想的行业协会惩罚权运行程序应当做到内部机构权力行使分工明确，互相制衡；裁决者应当保持中立；保证被惩罚者的权利，诸如知情权、抗辩权等；此外，建立有效的救济机制也是致关重要的。第四部分论述域外行业协会以及我国近代商帮的惩戒机制，比如德国的社团法院制度，司法审查制度，仲裁裁决制度；法国的两级理事会制度；日本对社团惩戒机制的多层次立法。除了域外的法律制度外，我国近代商帮的行业惩戒机制同样有借鉴意义，我国商帮的非法律惩戒机制主要依靠习惯法来落实，其惩罚的种类包括财产罚、戏罚，其惩罚决定过程是由行头先做决定，对行头决定不服的，由会馆会首决定，对会首决定不服的，由官府决断，也就是说，近代商帮惩罚权的救济制度遵循了穷尽内部救济的原则。第五部分论述我国当下行业协会惩罚权运行程序的缺陷和完善措施。当前我国行业协会惩罚权运行程序主要有以下缺陷，第一，行使主体不明确，我国行业协会长期存在一套人马两套牌子的问题，行业协会与事业单位、行政单位混同，这就导致了惩罚权做出主体的不明确；第二，我国立法缺少对行业协会惩罚权的程序性规定；第三，我国行业协会章程也缺少惩罚权程序的规定；第四，救济制度缺乏。针对以上问题，笔者提出以下完善意见：首先，应当通过立法完善行业协会惩罚权的范围、可运用的种类；其次，应当建立统一的惩罚权运行程序；再者是完善救济机制，笔者认为对惩罚权的司法审查程序应采用民事诉讼程序。对于被惩罚者损失的赔偿，可以在行业协会内部建立赔偿基金。