强雄腐霉的LAMP检测和瓜果腐霉的RPA检测方法的建立

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腐霉(Pythium)是世界范围内发现的引起植物发病的病菌。目前已经有120多种腐霉被鉴定出来,其中大多数为土传病害或者腐生种类,并且腐霉的寄主范围比较广泛,通常引起幼苗猝倒病和成熟期各种器官腐烂病,造成严重的农业经济损失。强雄腐霉能够引起玉米茎腐病,对玉米生产危害较大。瓜果腐霉(P.aphanidermatum)是一种危害广泛的土壤传播病原菌,也是腐霉属中致病力最强的种之一,它在森林,草地,池塘和农业生态系统中广泛存在,可以侵染大量的寄主植物,例如大豆、小麦、玉米、马铃薯、许多其他经济作物。它可以侵染植物的幼苗,根和下部茎部,导致猝倒和根腐病,另外瓜果腐霉的卵孢子可以在土壤中存活较长时间,从而侵染植物的根或种子。然而目前一系列基于聚合酶链式反应(PCR)的分子检测方法需要使用昂贵的仪器设备,不适于一些资源有限的实验室和生产上的基层工作者。近几年开发了环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)和重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA),这些核酸等温扩增技术操作简单,灵敏度和特异性高,而且不需要复杂的仪器设备,目前LAMP技术已经广泛应用于真菌、细菌、病毒的检测,而RPA技术目前在病毒、细菌、寄生虫、食品安全检测、疾病诊断中应用较多,在真菌中应用较少。建立了一种快速、灵敏的检测强雄腐霉(Pythium arrhenomanes)的环介导等温扩增(LAMP)方法。以β-tubulin基因为靶标序列,对该技术的特异性、灵敏度和实际应用进行了评估。特异性检测显示,LAMP方法能特异性地检测出强雄腐霉,而其他卵菌近缘种和常见植物病原真菌均未检测出来。灵敏度显示,LAMP方法的灵敏度为10 pg μL-1,是普通PCR灵敏度的1000倍。在实际应用中,LAMP方法能够快速检测出人工接种发病玉米组织的强雄腐霉。本研究成功建立了一种快速、准确、可视化的强雄腐霉的LAMP检测方法,能在60 min内完成整个扩增过程,适用于现场检测,为强雄腐霉引起的玉米茎腐病的防治开辟了新途径。建立了一种快速、灵敏的检测瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum)的重组酶聚合酶扩增(RPA)方法。通过比较基因组方法,找到了瓜果腐霉的特异靶标基因,之后根据其设计RPA引物和探针,整个反应需要39℃反应30 min,并采用RPA琼脂糖凝胶检测电泳检测和RPA荧光检测两种检测方法检测,之后对该技术进行特异性、灵敏度和人工模拟接种发病组织检测评估。特异性实验表明本实验设计的RPA引物能够特异性地检测到瓜果腐霉,并且在瓜果腐霉种内具有良好的特异性。灵敏度实验中RPA荧光检测体系的灵敏度能达到3.75 fg,与Real-time PCR的灵敏度相当,并且是RPA凝胶检测体系的10000倍,同样也是普通PCR检测限的10000倍。人工模拟接种实验中,RPA方法能在植物接种后出现明显病斑前检测瓜果腐霉,达到病原菌早期检测的目的,为植物病害的防治提供有效方法。
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