农业一直是我国经济建设和转型的核心,农村经济的发展关系到我国社会经济的稳定与快速增长,中国政府一直视解决“三农”问题为重中之重。随着工业化、城市化的快速推进,农民专业合作经济组织已成为我国现代农业发展的新型主体。农民专业合作经济组织的成立和发展是在市场经济条件下我国农业经营体制既具有时代性又存在必然性的制度变迁与创新,其在中国农村经济稳定和发展中的核心位置也基本确立。由于中国的特殊国情,许多政府主导、政府牵头的农民专业合作社应运而生,甚至在发展初期占据了主要地位。但近几年,对政府主导的农民专业合作社关注越来越少,其本身也越来越少出现。因此初期成立的这些合作社到底发展得怎样,它的成立目标有没有实现,其运行机制如何运作和实现,以及未来政府主导型合作社如何规范发展问题都值得我们探讨。本文首先从我国农民专业合作社的界定入手、梳理了我国农民专业合作社(合作经济组织)发展的历史概况和发展现状,并对合作社发展的历史情况做了简要分析。接着,对本文研究主体-“政府主导型农民专业合作社”进行了界定,并分析了其产生的背景和面临的新境况,认为其产生有一定的合理性、是一定程度强制性制度变迁的结果。其次,总结了我国政府主导型农民专业合作社的主要特征,并运用几种相关理论,如企业资源基础理论、博弈理论、利益分配理论和委托-代理理论,分别从发育机制、决策机制、利益分配机制和激励机制四个方面对政府主导型农民专业合作社的运行机制做了系统分析,其中针对决策机制和激励机制分别构建了一个数学模型。随后,结合上一章内容分别从发育、决策、利益分配、激励四方面阐述政府主导对农民专业合作社运行机制的影响,认为政府过多的干涉会对合作社的发展产生负面影响；最后,本文的主要结论及对策建议。认为普通农民能否成为合作社的主体、他们的利益是否能增加等等因素是我国政府主导型农民专业合作社未来发展规范与否的试金石,并且需要合作社不断完善其治理结构、健全运行机制。