历史经验证明,地方自治在缓和国家内部主体民族和非主体民族之间的矛盾和冲突,治理民族分离主义问题上作用显著。然而,在印度尼西亚试图利用地方自治治理“亚齐问题”和“巴布亚问题”过程中,同样的治理路径却产生了不同效果。为什么地方自治能够成功治理“亚齐问题”但却无法成功治理“巴布亚问题”呢?本文尝试对这一反常现象进行分析。通过对巴布亚分离主义运动和亚齐分离主义运动的兴起和发展历程的梳理,以及印尼政府在治理巴布亚问题和亚齐问题上的相同点与不同点的分析,本文认为,“巴布亚问题”无法成功复制“亚齐问题”治理路径的原因在于二者的情况大为不同,故而亚齐的治理路径无法适用于巴布亚。本文认为:分离族群对印尼的政治态度（即是否摒弃从印尼独立出去的政治诉求,承认印度尼西亚的母国地位）以及自身政治力量的有效整合决定了印尼政府在治理路径和方案上的选择,也最终影响了分离主义问题的治理成效。亚齐分离主义做到了以上二点,因此同印尼政府达成了彼此认可的自治方案,亚齐问题得以良好解决。反观巴布亚,巴布亚分离组织强硬派始终无法摒弃从印尼独立出去的政治诉求。而这又是印尼政府实施地方自治的政治前提。此外,受印尼历任政府“恩威并施”策略的影响,巴布亚分离组织分化为立场极为对立的强硬派和温和派,致使巴布亚分离组织的政治力量难以整合。巴布亚在政治态度和政治力量整合这两点上都没有做到,如果印尼政府在这种情况给予巴布亚过度的政治权力和自由,那么势必会给巴布亚分离主义势力中的强硬派提供良好的发展空间。此外,即便印尼政府在巴布亚地区实行地方自治,那么坚持希望巴布亚从印尼独立出去的分离主义势力也会破坏巴布亚地方自治的良好运行。基于以上两点,印尼政府不可能在巴布亚地区实行真正的地方自治。印尼政府治理亚齐和巴布亚的案例对我国治理国内分离主义问题上有着重要借鉴意义。