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目的:通过转录组测序,研究先天性肌性斜颈(congenital muscular torticollis,CMT)的胸锁乳突肌(sternocleidomastoid muscle,SCM)和颈阔肌(platysma)的不同性状肌肉组织间的转录组学差异,从中研究与发病相关的基因及其分子机制;通过全基因组测序技术筛查CMT家系的致病基因,初步探索其可能的遗传致病机制。方法:在转录组水平,收集手术治疗CMT患儿患侧SCM病变组织,获取术区的红色颈阔肌命名为“Platysma group”、纤维化SCM白色肌肉组织命名为“Whitish SCM group”、邻旁未纤维化SCM红色肌肉组织命名为“Reddish SCM group”、邻旁部分纤维化SCM红白相间肌肉组织命名为“Whitish and Reddish SCM group”,提取总RNA后采用RNase H法建库,基于转录组测序完成差异表达基因分析。以padj<0.05且|log2FoldChange|>1为标准筛选显著性差异基因,进一步开展差异表达基因的功能注释、GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。在基因组水平,采集收治的CMT家系的临床资料、患者及其家属的外周血DNA进行全基因组测序。因CMT的遗传模式尚未完全确定,基于以往文献报道肌肉疾病的相关致病基因构建候选基因列表,将CMT家系的正常和患病全部样本的基因变异与候选基因列表进行比对。最后依据美国医学遗传学与基因组学学会制定的序列变异解读指南完成相关基因变异的变异程度评价。结果:在转录组水平,纳入患儿共计16人,对获取的“Platysma group”3例、“Reddish SCM group”5例、“Whitish SCM group”9例和“Whitish and Reddish SCM group”18例共计35例肌肉组织样本开展转录组测序。通过获取四组间两两比较的差异表达基因,发现细胞外基质可能在发病过程中发挥重要作用:(1)SFRP1等基因的表达上调可能通过抑制Wnt/β-catenin信号通路,进而抑制SCM纤维化;(2)Wnt7b等基因的表达上调可能通过激活Wnt/PI3K信号通路促进病变SCM发生继发性骨骼肌再生;(3)PPAR信号通路的激活可能通过促进SCM脂类代谢和抑制脂肪分化进而继发性抑制肌间脂肪浸润。(4)通过KEGG富集分析发现CMT发病机制可能与自噬信号通路有关。在基因组水平,对CMT2101家系、CMT2106家系和CMT2114家系的3个CMT家系的13名成员完成全基因组测序后,通过对相关基因变异的解读得到针对CMT2101家系的MTHFR基因、CMT2106家系的TRNT1基因、CMT2106家系的LIPE基因和CMT2114家系的PLN基因等4个致病或疑似致病基因变异。通过与数据库的候选基因解读发现它们为CMT不相关的隐性遗传疾病的致病或疑似致病变异,与CMT的发病可能无直接关联,且相关样本均为对应基因变异的携带者状态。结论:通过转录组水平结合CMT组织纤维化、脂肪浸润以及肌萎缩的表型发现细胞外基质可能在发病过程中发挥重要作用,Wnt/β-catenin信号通路可能与SCM纤维化相关,Wnt/PI3K信号通路可能与SCM骨骼肌再生相关,PPAR信号通路可能与SCM的肌间脂肪浸润相关,且CMT发病机制可能与自噬信号通路有关,结果需进一步开展功能和机制验证。在基因组水平,通过流行病学调查发现CMT的发病存在家族聚集现象,其发病可能与遗传因素有关。本研究针对家系开展全基因组测序尚未得到CMT的相关致病突变基因的直接证据,需进一步扩大样本和选用不同的测序技术及分析方案。