现代分析方法在天然药物分析中发挥越来越重要的作用，高效的色谱技术使天然药物中有效成分得以分离并加以纯化，建立起了各种相应的研究方法，使天然药物从定性分析为主逐步过渡到以定量分析为主，定量分析方法也从薄层色谱(TLC)为主，逐步增加了高效液相色谱(HPLC)、气相色谱(GC)、高效毛细管电泳(HPCE)等现代分析技术，增强了对中药进行全面质量控制，使天然药物的研究水平不断提高，进而形成了我国药物分析的特色领域。 高效毛细管电泳，是20世纪80年代在全世界范围内迅速发展起来的一种新型分离分析技术，被认为是上世纪末分离分析领域最有影响力的分支之一，也是该领域的公认前沿。高效毛细管电泳具有分离效率高、分析速度快、分离模式多、所需样品少、应用范围广，自动化程度高，在生命科学、生物技术、临床医学、药学分析和环境科学等领域显示了极其重要的应用前景，也被公认是人类进入纳米技术时代的一种富有重要潜在价值的手段。 本论文利用高效毛细管电泳技术对天然药物的有效成分进行分析，包括两方面的内容： (一)建立了一种四氢呋喃修饰毛细管电泳法同时分离测定天然药物洋金花中的东莨菪碱、阿托品和山莨菪碱含量的方法。实验考察了各种实验参数对分离的影响，在优化实验条件下，实现了上述三种莨菪烷类生物碱的基线分离，并用于天然药物洋金花中对应生物碱的含量测定，方法简捷、结果令人满意，为洋金花药材及其复方制剂提供了一种新的质量控制方法。 (二)分别以环糊精、蛋白质、氨基酸为手性拆分试剂，用高效毛细管电泳法实现了麻黄碱与伪麻黄碱、去甲基麻黄碱与去甲基伪麻黄碱两组异构体药物的分离，并对天然药物麻黄中对应生物碱进行分离，分离效果较好。