近些年来,我国各地区发展不平衡的问题愈加凸显,以推动区域经济发展为目的的公共工程建设成为解决这一问题的有效途径。在这种情况下中央和地方财政愈加重视对公共工程的投资,以实现经济的全面协调发展。但是由于公共工程项目建设周期长、投入资金数额巨大、涉及地域范围广;再加上一些地区和部门存在制度不健全,管理不严等问题,使得财政对公共工程的资金投入没有达到应有的效果。运用公共工程绩效审计的方法可以有效解决上述问题。公共工程绩效审计,是指政府审计机关依照绩效审计的流程和方法,针对公共工程专项资金的使用情况以及公共工程建设目标完成情况,进行的成本经济性、建设效率性和工程项目效果性的绩效评价。当前我国政府关于公共工程审计存在诸多方面的不足,最主要的问题就是缺乏一套具有指导意义和普遍适用性的评价指标体系。构建一系列具有普遍意义的绩效评价指标体系,已成为公共工程绩效审计发展的关键。平衡计分卡理论同我国政府的执政理念在本质上是一致的,加上能够更科学全面地设置评价指标,因此本文依托平衡计分卡的基本原理,重构了公共工程绩效审计的一般评价指标体系,按照公众维度、政府维度、财务维度、内部流程维度和创新与发展维度这五个方面进行指标的构建研究。并以三峡水电站的建设为例,在应用构建指标的基础上,加入个性指标来对三峡水电站进行绩效评价。经过各指标的评价,笔者认为三峡工程总体而言是完成了预期的设计目标。在选取评价指标的过程中,笔者发现前文构建的评价指标能够较好的适应评价的要求,各个指标之间没有重合,同时前文划分的五个维度能够较为全面的对三峡工程进行评价。因此笔者认为该指标体系是具有普遍适用性和一定的指导意义的。本文阐述政府绩效审计在公共工程项目之中的应用,期望对我国绩效审计理论的发展和公共工程评价指标的构建提供一定的借鉴作用。