随着经济、社会的发展,跨界水污染问题越来越普遍,跨界水污染纠纷也越来越多,不仅影响社会生产、人民生活,还影响着流域各辖区之间的关系。跨界水污染的性质决定了单个的地方政府无法解决,由中央政府解决也不是一种最佳选择,应该依靠地方政府合作治理来解决。实际上,在解决跨界水污染的问题上,我国部分地方政府已经开始了探索性的实践合作,但是还存在着很多问题,需要进行完善。本文从理论和实践两个方面分析了制约地方政府合作治理跨界水污染的困境,理论上不合作是因为地方政府之间博弈的囚徒困境、再加上跨界水污染的外部性,实践上是因为相关机制和法律、法规的不健全等。在借鉴国外和国内在合作治理跨界水污染中的一些经验的基础上,提出了促进我国地方政府合作治理跨界水污染的一些思考。理论上,通过从囚徒困境博弈到合作博弈、将污染的外部效应内在化,说明了地方政府在治理跨界水污染中可以实现合作。实践上,建立组织载体、健全完善相关机制,其中健全区际生态补偿机制尤为重要,区际生态补偿是将外部效应内在化的实践应用,健全法律法规等,都能够促使我国地方政府在治理跨界水污染中进行有效合作。